核心结论：监理单位在履行合同过程中发生股权变更并成为同项目施工单位的子公司，可能涉及合同效力、利益冲突、监管合规等多方面问题，需根据具体情况采取相应措施，具体处理方式如下：

1. 审查合同条款
   首先需审查监理合同中是否包含关于股权变更、关联关系或利益冲突的条款。若合同明确禁止监理单位与施工单位存在关联关系（如股权控制、高管交叉任职等），则股权变更可能构成违约，建设单位有权依据合同主张违约责任，包括解除合同、要求赔偿损失等。若合同未明确禁止，则需进一步分析是否违反法律强制性规定或行业规范。

2. 评估利益冲突与独立性
   监理单位的核心职责是独立、公正地监督施工质量、进度及合规性。若其成为施工单位的子公司，可能因利益关联导致独立性受损，进而影响监理职责的履行。根据《建设工程质量管理条例》第三十五条，监理单位与施工单位不得有隶属关系或其他利害关系。若股权变更导致此类关系成立，监理合同可能因违反强制性规定而无效，或建设单位可要求更换监理单位。

3. 履行告知与审批义务
   即使合同未明确禁止，监理单位仍需主动向建设单位披露股权变更情况，并说明变更后如何保障独立性及履行监理职责。若建设单位同意继续履行合同，建议签订补充协议明确双方权利义务，例如增加独立性保障条款、加强监督机制等。若建设单位反对，则需协商解除合同或转让监理业务。

4. 合规性审查与行政备案
   根据《工程监理企业资质管理规定》，监理企业发生股权变更可能影响资质条件（如注册资本、专业人员等），需向主管部门重新核定资质或备案。若未履行相关手续，可能面临行政处罚，甚至影响合同效力。此外，若项目涉及政府投资或公共利益，还需关注招投标法中关于关联交易的限制。

5. 风险防范建议

   • 短期措施：立即暂停与施工单位存在利益冲突的监理行为（如验收、计量支付等），避免进一步扩大风险。
     
   • 长期方案：若股权变更不可避免，建议通过资产剥离、业务分立等方式保持监理业务的独立性，或引入第三方机构对监理过程进行二次监督。
     
   • 争议解决：若因股权变更引发纠纷，需保留合同、变更文件、沟通记录等证据，必要时通过诉讼或仲裁确认合同效力及责任承担。

总结：监理单位股权变更成为施工单位子公司，需从合同条款、利益冲突、合规性三方面综合评估风险，并采取披露、协商、补救或终止合同等措施。建议根据具体情形制定方案，必要时可进一步提供合同文本或变更细节，以便针对性分析。