法院调解书约定的违约金是否需要开票，需分情况讨论，具体如下：

1. 若违约金与合同标的直接相关，且属于价外费用性质
   根据《增值税暂行条例》第六条及《营业税改征增值税试点实施办法》第三十七条，违约金若被认定为“价外费用”（即销售方向购买方收取的违约金、赔偿金等），需并入销售额计算增值税，此时应开具发票。例如：买卖合同中，买方逾期付款需支付违约金，该违约金属于价外费用，卖方需按主合同税率开具增值税发票。

2. 若违约金与合同标的无关，或属于补偿性、惩罚性性质
   若违约金是因合同解除、违约赔偿等产生的补偿款（如因质量问题支付的赔偿金），且不涉及货物或服务交易，则不属于增值税应税范围，无需开具发票。此时可通过收据、法院调解书等凭证作为财务处理依据。例如：租赁合同中，承租方提前退租支付违约金，出租方无需开票，但需留存调解书作为收入确认凭证。

实务建议：

• 区分性质：首先判断违约金是否与合同标的直接相关，是否属于价外费用。
  
• 留存证据：无论是否开票，均需保存法院调解书、付款凭证等材料，以备税务稽查或财务审计。
  
• 税务合规：若需开票，应按主合同税率开具；若无需开票，建议通过银行转账支付并备注“违约金”，避免现金交易引发风险。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的税务处理方案。