结论：别的商店用您店铺的证代领发票属于违法行为，可能涉及多个层面的法律责任。以下从不同角度为您详细分析：

1. 税务管理角度
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第十五条、第二十二条，发票的领用需以实际经营业务为基础，且领用主体必须与税务登记信息一致。若其他商店使用您的营业执照、税务登记证等材料代领发票，属于“转借、转让、介绍他人转让发票”的违法行为，税务机关可责令改正并处1万元以下罚款；情节严重的，处1万元以上3万元以下罚款，甚至吊销发票领用资格。

2. 行政许可角度
   发票领用资格是税务机关基于企业实际经营情况授予的行政许可，具有专属性。若其他商店冒用您的资质领票，可能被认定为“伪造、变造、买卖国家机关公文、证件、印章”（若证件系伪造）或“冒用他人名义骗取行政许可”，违反《行政许可法》第七十九条，可能面临行政处罚甚至刑事责任。

3. 刑事风险角度
   若其他商店利用代领的发票虚开发票（如为他人虚开、为自己虚开、介绍他人虚开），可能触犯《刑法》第二百零五条“虚开发票罪”，最高可处七年有期徒刑并处罚金。而您作为证件提供方，若明知对方用于虚开仍提供帮助，可能构成共同犯罪；即使不知情，也可能因“未尽到合理审查义务”被追究行政责任。

4. 民事责任角度
   若其他商店代领发票后未用于合法经营，导致税务机关向您追缴税款、滞纳金或罚款，您有权依据《民法典》第一千一百六十五条向实际使用方追偿损失。此外，若对方行为导致您的商业信誉受损，还可主张侵权赔偿。

建议行动：

1. 立即联系税务机关说明情况，申请注销或挂失相关证件，防止进一步被冒用；
   
2. 收集证据（如对方代领发票的记录、沟通记录等），必要时向公安机关报案；
   
3. 若已产生损失，尽快委托律师向对方发送律师函或提起诉讼，固定证据并追偿。
   

如有其他细节需要补充或进一步分析，欢迎随时向我咨询。