关于建造合同的补充协议更改合同主体但项目未开工时印花税的问题，结论如下：

1. 印花税的基本规定

   • 印花税是对经济活动和经济交往中书立、领受具有法律效力的凭证（如合同、产权转移书据、营业账簿、权利许可证照等）所征收的一种税。在建设工程领域，建造合同通常属于印花税的征税范围。

2. 合同主体变更对印花税的影响

   • 当建造合同的补充协议更改了合同主体时，这实际上构成了一个新的合同关系或是对原合同关系的重大变更。然而，印花税的征税是基于合同的签订行为，而非合同的履行情况。因此，即使项目尚未开工，只要合同（或补充协议）已经签订，就可能产生印花税的纳税义务。

3. 印花税的具体计算与缴纳

   • 印花税的计算通常基于合同的金额或凭证的件数。对于建设工程合同，印花税一般按照合同金额的万分之三至万分之五贴花（具体税率可能因地区或政策而异）。
   • 在合同主体变更的情况下，如果原合同已经缴纳过印花税，且变更后的合同金额未发生变化，那么可能不需要重复缴纳印花税。但如果变更后的合同金额有所增加，或者原合同未缴纳印花税，那么就需要根据新的合同金额计算并缴纳印花税。
   • 计算公式：应纳印花税额 = 合同金额 × 适用税率。例如，如果合同金额为1000万元，适用税率为万分之三，则应纳印花税额为3000元。

4. 特殊情况下的处理

   • 如果合同主体变更是因为企业合并、分立、改制等法定原因，且符合相关税收优惠政策的规定，那么可能可以享受印花税的减免或优惠。
   • 另外，如果项目最终未开工，且合同因此被解除或终止，那么已经缴纳的印花税可能无法退还（除非符合特定退税条件）。因此，在签订合同和缴纳印花税时，应充分考虑项目的可行性和风险。

5. 建议与注意事项

   • 在签订建造合同及其补充协议时，应仔细审查合同条款，特别是关于印花税的缴纳义务和金额的规定。
   • 如果合同主体发生变更，应及时与税务机关沟通，了解具体的纳税义务和流程，避免产生不必要的税务风险。
   • 对于复杂的税务问题，建议咨询专业的税务顾问或律师，以确保合规性和降低税务成本。

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