原被告双方协议通过法院办理不动产变更登记，在符合法定条件且协议内容合法有效的情况下，应当予以支持。以下从不同角度进行分析：

一、协议本身的合法性及有效性

1. 协议内容合法：原被告双方达成的协议，若内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且是双方真实意思表示，则该协议合法有效。这是协议能够得到法院支持的基础。

2. 协议目的明确：协议应明确约定通过法院办理不动产变更登记的具体事项，包括但不限于不动产的坐落、面积、权属状况、变更登记的原因、双方的权利义务等。明确的协议目的有助于法院判断协议的合法性和可执行性。

二、法院支持协议办理不动产变更登记的法律依据

1. 《中华人民共和国民法典》的相关规定：

   • 根据《民法典》第二百零九条，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力。这意味着，不动产变更登记是物权变动的法定要件。
   • 根据《民法典》第二百一十五条，当事人之间订立有关设立、变更、转让和消灭不动产物权的合同，除法律另有规定或者当事人另有约定外，自合同成立时生效；未办理物权登记的，不影响合同效力。这表明，即使未办理物权登记，也不影响双方协议的效力。但协议生效并不等同于物权变动，物权变动仍需依法进行登记。

2. 法院的裁判权：

   • 法院作为司法机关，有权对当事人之间的纠纷进行裁判，并可以根据裁判结果出具相应的法律文书。在原被告双方协议通过法院办理不动产变更登记的情况下，法院可以审查协议的合法性，并在确认协议合法有效后，出具调解书或判决书等法律文书，作为办理不动产变更登记的依据。

三、法院支持协议办理不动产变更登记的实践操作

1. 审查协议内容：

   • 法院在受理原被告双方的申请后，会首先审查协议的内容是否合法、有效，以及是否明确约定了通过法院办理不动产变更登记的具体事项。

2. 出具法律文书：

   • 若协议内容合法、有效，且符合法院办理不动产变更登记的条件，法院会出具调解书或判决书等法律文书，明确双方的权利义务，并作为办理不动产变更登记的依据。

3. 协助办理变更登记：

   • 法院在出具法律文书后，可以协助当事人向不动产登记机构申请办理变更登记手续，确保物权变动的合法性和有效性。

四、特殊情况下的处理

1. 协议存在瑕疵或争议：

   • 若协议存在瑕疵或争议，如协议内容不明确、存在欺诈或胁迫等情形，法院可能不会直接支持通过法院办理不动产变更登记的申请。此时，当事人需要先通过诉讼或仲裁等方式解决协议争议，再申请办理变更登记。

2. 不动产存在权属争议或限制：

   • 若不动产存在权属争议或限制，如被查封、抵押等情形，法院可能不会支持通过法院办理不动产变更登记的申请。此时，当事人需要先解决权属争议或解除限制，再申请办理变更登记。

建议：在签订协议前，双方应充分了解相关法律法规和政策规定，确保协议内容合法、有效且明确约定了通过法院办理不动产变更登记的具体事项。在协议履行过程中，双方应积极配合法院的工作，提供必要的证据和材料，确保协议能够得到顺利执行。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。