您好，关于您提出的“是否履行三同时手续”的问题，这主要涉及到生产经营单位在新建、改建、扩建工程项目时，其安全设施必须与主体工程同时设计、同时施工、同时投入生产和使用，即我们通常所说的“三同时”制度。
首先，根据《中华人民共和国安全生产法》的相关规定，所有在中华人民共和国领域内从事生产经营活动的单位，其新建、改建、扩建工程项目的安全设施，都应当遵循“三同时”的原则。这意味着，无论您的企业属于哪个行业，只要涉及到工程项目的建设，就必须履行这一手续。
具体来说，“三同时”制度要求：
同时设计：安全设施必须与主体工程同时进行设计，确保安全设施的设计符合相关法律法规和标准的要求。
同时施工：在主体工程施工的过程中，安全设施也必须同时进行施工，确保安全设施与主体工程同步建设。
同时投入生产和使用：在主体工程竣工并投入生产和使用之前，安全设施也必须经过验收并合格，确保能够正常投入使用，为生产经营活动提供安全保障。
对于您提到的养猪企业（含粪污水处理和沼气）是否需要履行“三同时”手续的问题，根据河南省应急管理厅的回复，养猪企业作为畜牧业的一部分，同样属于生产经营单位，因此也必须遵守《安全生产法》中关于建设项目安全设施“三同时”的规定。
此外，农业农村部门作为负有安全生产监督管理职责的部门之一，也会依法对畜牧业生产经营单位（包括养猪企业）的建设项目安全设施“三同时”工作实施监督管理。
如果您的企业未履行“三同时”手续，可能会面临责令停止建设或者停产停业整顿、限期改正、罚款等行政处罚，甚至可能构成犯罪，依法追究刑事责任。
因此，我建议您在建设工程项目时，务必严格遵守“三同时”制度，确保安全设施与主体工程同步设计、同步施工、同步投入生产和使用，以保障企业的安全生产和员工的生命安全。如果您在具体操作过程中有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询相关部门或专业人士。