单位变更法人，一般情况下不会直接影响三方协议的扣款，但具体是否受影响还需根据三方协议的具体内容以及变更法人的相关情况来判断。以下从不同角度为你详细分析：

从三方协议的法律性质和内容来看

三方协议通常是基于三方当事人之间的合意而订立的，明确了各方的权利和义务。在协议中，一般会约定扣款的相关条款，如扣款的条件、方式、账户等。如果单位变更法人，但三方协议中并未将法人变更作为影响扣款的因素进行约定，且变更后的法人继续履行原单位在协议中的义务，那么扣款通常不会受到影响。例如，三方协议约定的是从单位的某个特定账户扣款，只要该账户未因法人变更而发生变化，扣款就可以正常进行。

从法人变更的法律后果来看

法人变更是指法人的名称、住所、法定代表人等事项发生变更。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，法人的变更不影响其民事权利和义务的承继。也就是说，变更后的法人应当继续承担原法人在三方协议中的权利和义务，包括扣款义务。但是，如果法人变更过程中存在违法行为，如恶意逃避债务、转移资产等，可能会影响到扣款的进行。例如，原法人为了逃避扣款义务，在变更法人时将单位的主要资产转移，导致扣款无法执行，这种情况下，扣款就可能会受到影响。

从实际操作层面来看

在实际操作中，如果单位变更法人，为了确保三方协议的扣款不受影响，建议采取以下措施：

1. 及时通知协议各方：单位应当及时将法人变更的情况通知三方协议的其他各方，并提供变更后的相关证明文件，如营业执照、法定代表人身份证明等。
2. 确认扣款账户信息：与协议各方确认扣款账户信息是否发生变化，如果发生变化，应当及时更新协议中的相关条款。
3. 签订补充协议：如果三方协议中有关于法人变更的特殊约定，或者为了进一步明确各方的权利和义务，可以签订补充协议，对法人变更后的扣款事宜进行明确约定。

给你的建议：

• 审查三方协议：仔细审查三方协议中关于法人变更和扣款的条款，了解协议的具体约定。
• 与协议各方沟通：及时与三方协议的其他各方进行沟通，了解他们对法人变更的看法和意见，共同协商解决方案。
• 咨询专业律师：如果对法人变更和扣款事宜存在疑问或担忧，可以向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。

总之，单位变更法人不一定会直接影响三方协议的扣款，但为了确保扣款的顺利进行，建议采取上述措施，并在必要时咨询专业律师。