五年内第二次被税务机关处罚是否会被立案，需结合具体违法情节、处罚类型及法律规定综合判断，无法一概而论，但可分以下情形分析：

1. 若第二次违法行为构成“逃避缴纳税款”且符合刑事立案标准，会被立案

根据《刑法》第二百零一条及《刑事案件立案追诉标准（二）》，若纳税人五年内因逃避缴纳税款受过刑事处罚或被税务机关给予二次以上行政处罚，又逃避缴纳税款，且数额达到以下标准，税务机关会移送公安机关立案侦查：

• 数额在10万元以上（占应纳税额10%以上）；
  
• 虽未达10万元，但五年内因逃避缴纳税款受过刑事处罚或被税务机关给予二次以上行政处罚的。
  关键点：第二次处罚若涉及“逃避缴纳税款”且符合上述条件，必然触发刑事立案程序。

2. 若第二次违法行为属于其他税务违法（如虚开发票、骗税等），需单独判断是否达刑事标准

若违法行为不涉及“逃避缴纳税款”，而是虚开发票、骗取出口退税等其他税务犯罪，需根据具体罪名立案标准判断。例如：

• 虚开发票罪：虚开税款数额1万元以上或致使国家税款被骗5000元以上，即达立案标准（《刑法》第二百零五条之一）；
  
• 骗取出口退税罪：数额在5万元以上即达立案标准（《刑法》第二百零四条）。
  关键点：若第二次违法行为本身构成其他税务犯罪，无论是否为“五年内第二次”，均可能被立案。

3. 若第二次违法行为仅属行政违法（未达刑事标准），通常不会被刑事立案，但可能面临更重行政处罚

根据《税收征收管理法》第六十三条至六十八条，若第二次违法行为未达刑事立案标准，税务机关会依法作出行政处罚（如罚款、加收滞纳金、没收违法所得等），但不会移送公安机关。不过，若属于“五年内二次以上违法”，可能面临从重处罚（如罚款幅度提高、列入税收违法“黑名单”等）。
关键点：行政违法与刑事犯罪的界限在于违法情节是否“严重”，仅因“五年内第二次”不会直接导致刑事立案，但可能加重行政责任。

总结建议

1. 核实违法行为性质：区分是“逃避缴纳税款”还是其他税务违法，明确是否涉及刑事犯罪构成要件；
   
2. 计算涉案金额：若涉及“逃避缴纳税款”，需计算未缴税款数额及占比；若涉及其他罪名，需计算对应金额是否达立案标准；
   
3. 关注税务机关程序：若收到《税务处理决定书》或《税务行政处罚决定书》，需仔细审查是否提及“移送公安机关”；
   
4. 及时咨询专业律师：若对违法行为性质或处罚结果有疑问，可进一步向我提供具体情节（如违法类型、金额、前科情况等），我会结合法律条文和实务经验为您详细分析。
   

税务问题涉及法律与财务的双重风险，建议谨慎对待每一步处理程序。