自然人为企业代持企业自己的股份，在符合一定条件和程序的情况下，是合法的。以下是对这一问题的详细分析：
一、合法性依据
代持协议的有效性：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百四十三条，只要代持双方（即自然人和企业）具备相应的民事行为能力，意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，代持协议即有效。
- 类似地，如果企业作为名义股东，自然人作为实际出资人，他们之间的代持合同，在无法律规定的无效情形时，也应被认定为有效。这可以类比于《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（三）》中关于实际出资人与名义股东之间合同效力的规定。
实际出资人的义务：
- 自然人作为实际出资人，需按照公司章程或代持协议的约定，真实、足额地履行出资义务。若未履行出资责任，企业（作为名义股东）的债权人有权要求企业承担补充赔偿责任，而企业承担责任后可向自然人追偿。
二、操作要点与注意事项
代持协议的形式与内容：
- 代持协议应明确双方的权利和义务，包括但不限于出资方式、出资时间、股权收益分配、股权转让条件等。协议应尽可能详尽，以避免未来可能出现的纠纷。
- 协议应采用书面形式，并由双方签字或盖章确认，以确保其法律效力。
“显名”程序（如适用）：
- 如果自然人作为实际出资人希望取代企业成为公司的正式股东，需经公司其他股东半数以上同意。这是为了维护有限责任公司的人合性。
- 在进行“显名”程序时，应确保所有相关手续（如股东名册变更、公司登记机关登记等）均得到妥善办理。
特殊行业的考量：
- 在金融、证券等特定行业，对股份代持有更严格的规定和监管要求。例如，某些金融监管政策可能禁止或限制金融机构存在股份代持情形。
- 在这些行业进行代持时，应特别注意遵守相关法规，以避免无效或面临监管处罚。
三、法律风险与防范
权益纠纷风险：
- 代持双方可能因权益分配、股权转让等事项产生纠纷。因此，代持协议应尽可能详尽地规定双方的权利和义务，以及纠纷解决机制（如仲裁或诉讼）。
监管处罚风险：
- 若代持行为违反相关证券法律法规或行业监管要求，可能受到监管机构的处罚。为防范此风险，代持前应充分了解并遵守相关法律法规和行业规定。
建议措施：
- 为确保代持行为的合法性和安全性，建议在代持前进行充分的法律尽职调查，明确代持双方的法律关系和责任边界。
- 制定完善的代持协议和风险防控措施，包括但不限于定期审计、信息披露要求等。
总结与建议：自然人为企业代持企业自己的股份在符合法律规定的情况下是合法的，但需注意遵守相关法律法规和公司章程规定，谨慎操作以确保代持行为的合法性和合规性。如果你在这一过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询。