在处理运输合同违约后的赔偿损失及货物处理问题时，我们需要综合考虑合同约定、法律法规以及实际情况，以下是一份详细且有条理的解答：

一、明确违约方及责任

首先，要确定是托运人违约还是承运人违约。托运人违约可能包括未按时提供货物、提供错误货物信息等情形，此时托运人应承担承运人的损失。承运人违约则可能涉及未按约定时间运输、货物丢失或损坏等情况，承运人需赔偿托运人的全部损失，包括直接和间接损失。

二、赔偿原则与方式

1. 赔偿原则：

   • 约定优先：若合同中有明确约定，如违约金或赔偿计算方式，应按约定执行。
   • 完全赔偿：违约方应赔偿对方因违约行为所遭受的全部损失，但间接损失需满足合理预见条件。
   • 合理预见：赔偿责任不得超过违约方在订立合同时预见到或应当预见到的损失。
   • 减轻损失：违约后，对方应采取措施防止损失扩大，否则扩大的部分不得要求赔偿。

2. 赔偿方式：

   • 约定赔偿：按照合同中的明确约定进行赔偿。
   • 法定赔偿：合同无约定或约定不明确时，按法律规定赔偿。货物损失一般按到达地市场价格或保价金额赔偿；运输费用根据违约情况处理；其他合理损失如临时仓储费、转运费等也应赔偿。

三、货物处理

在赔偿损失的同时，货物的处理也是关键环节：

1. 货物归还或保留：

   • 若货物未损坏或丢失，且托运人或收货人要求归还，承运人应归还货物。
   • 若货物已损坏或丢失，且承运人需承担赔偿责任，则货物可能无需归还，或根据双方协商处理。

2. 货物价值评估：

   • 在赔偿过程中，可能需要对货物价值进行评估，以确定赔偿金额。这通常涉及市场价格调查、专业评估机构介入等。

3. 货物处置协商：

   • 双方可就货物的处置方式进行协商，如是否由承运人负责处理损坏货物、是否将货物残值转让给托运人或收货人等。

四、免责情形

在符合法律和合同规定条件下，承运人可能不承担违约责任，包括不可抗力、货物自然属性、合理损耗以及托运人或收货人过错等情形。

五、赔偿程序与纠纷处理

1. 提出索赔：

   • 收货人或托运人在发现货物有问题时，应及时向承运人提出索赔要求，并填写相关索赔单据，随附证明文件。

2. 协商处理：

   • 双方应首先尝试通过协商解决赔偿问题，达成赔偿协议。

3. 第三方调解、仲裁或诉讼：

   • 若协商不成，可寻求第三方调解、仲裁或向法院提起诉讼。仲裁需双方在合同中有仲裁条款；诉讼则适用于无仲裁条款或仲裁不成的情况。

六、证据收集与保存

在处理运输货物损失赔偿纠纷过程中，证据的收集和保存至关重要。受损方应保留好运输合同及附件、货物清单、交接单据、货损照片或视频资料、鉴定报告或评估意见以及支付凭证和发票等证据，以有力地主张自己的权益。

综上所述，运输合同违约后的赔偿损失及货物处理问题需根据具体情况确定，包括明确违约方及责任、遵循赔偿原则与方式、协商货物处理、考虑免责情形、遵循赔偿程序与纠纷处理方式，并充分准备相关证据以维护自身合法权益。