当结婚证被男方拿走，女方仍然有权并且可以按照法定程序起诉离婚，其合法权益是受到法律保护的。以下是详细的起诉离婚步骤和注意事项：
一、准备婚姻关系证明
由于结婚证被男方拿走，女方需要前往当地民政局或婚姻登记机关，携带本人有效身份证，查询并申请出具婚姻关系证明。这份证明需要加盖公章，以确保其法律效力，它与结婚证具有同等效力，能够证实双方的婚姻关系。
二、撰写并提交起诉材料
书写离婚起诉状：
- 详细写明原告（女方）和被告（男方）的姓名、性别、年龄、民族、职业、工作单位、住所及联系方式。
- 清晰表明离婚请求，以及对子女抚养权、抚养费、夫妻共同财产和债务分割的具体要求。
- 详细叙述双方相识、结婚的过程，以及提起离婚诉讼的具体原因，如感情破裂的表现和经过，并附上相关证据支持，如分居协议、家庭暴力证据等。
准备其他必要材料：
- 原告身份证明：提供女方本人身份证及复印件。
- 婚姻关系证明：提交从婚姻登记机关获取的婚姻关系证明及复印件。
- 感情破裂证据：如聊天记录、照片、视频等，以证明夫妻感情确已破裂。
三、选择管辖法院并提交起诉
- 确定管辖法院：一般应向被告住所地（通常是男方户籍所在地）的基层人民法院提起离婚诉讼。若被告住所地与经常居住地不一致，则由连续居住满一年以上的地方（即经常居住地）的人民法院管辖。
- 递交起诉材料：将准备好的起诉状、身份证明、婚姻关系证明及相关证据材料一并提交给有管辖权的法院立案庭。
四、参与后续诉讼流程
- 立案与缴费：法院收到起诉材料后会进行审查，符合立案条件的会予以受理，并通知缴纳诉讼费用。
- 送达与答辩：法院会将起诉状副本送达给被告，并给予一定的答辩期限，被告需在期限内提出答辩意见。
- 调解与开庭：
- 法院在受理案件后，通常会先进行调解，尝试促使双方和解。
- 若调解无效，法院将安排开庭审理。双方需按时参加庭审，进行陈述、举证、质证和辩论等环节。
- 法院判决：法院根据庭审情况和相关证据，对是否准予离婚、子女抚养、财产分割等问题作出判决，并向双方送达判决书。
五、法律依据与注意事项
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
- 根据《婚姻登记条例》第十七条，结婚证遗失或者损毁的，当事人可以持户口簿、身份证向原办理婚姻登记的机关或者一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关申请补领或出具婚姻关系证明。
注意事项：
- 在整个诉讼过程中，女方应时刻注意保护自己的合法权益，遵循法律程序进行诉讼。
- 如遇困难或不确定事项，建议咨询或委托专业律师提供帮助，以确保自身权益得到最大程度的维护。
综上所述，即使结婚证被男方拿走，女方依然可以通过合法途径起诉离婚，并保障自己的合法权益。希望这些信息能对你有所帮助。