违反《军用土地保护条例》及相关军事法规的处罚，需根据具体违法行为、情节严重程度及造成的后果综合判定，可能涉及行政处罚、党纪处分或刑事责任。以下从不同法律维度展开分析：

一、行政处罚（针对一般违法行为）

根据《中国人民解放军土地使用管理规定》及《军用土地保护条例》，若违反规定但未造成严重后果，通常由军队土地管理部门或上级军事机关实施行政处罚，常见情形包括：

1. 警告或通报批评：适用于首次违规、情节轻微的行为，如未经批准擅自改变土地用途、未按规定报备土地使用情况等。
2. 责令限期改正：要求违规单位或个人在规定期限内恢复土地原状或补办审批手续，例如非法占用军用土地建设临时设施的，需限期拆除并恢复地貌。
3. 罚款：对情节较重或拒不改正的行为，可处以罚款，具体金额根据土地价值、违规程度及损失情况确定，例如非法转让军用土地使用权的，可能按土地收益的一定比例罚款。
4. 没收违法所得：若违规行为涉及经济利益（如非法出租军用土地获取租金），可没收全部违法所得。

二、党纪处分（针对军人或军队单位）

若违规主体为军人或军队单位，除行政处罚外，还可能依据《中国人民解放军纪律条令》追究党纪责任：

1. 警告、严重警告：适用于情节较轻的违规行为，如未履行土地管理职责导致土地闲置或浪费。
2. 记过、记大过：针对情节较重或造成一定损失的行为，如擅自处置军用土地导致国有资产流失。
3. 降职（级）、撤职：对严重失职或造成重大损失的责任人，可能给予降职或撤职处分。
4. 开除军籍：适用于情节特别严重、构成犯罪或严重损害军队声誉的行为，如与外部人员勾结非法侵占军用土地。

三、刑事责任（针对犯罪行为）

若违规行为触犯《中华人民共和国刑法》，可能构成犯罪，需依法追究刑事责任，常见罪名包括：

1. 非法转让、倒卖土地使用权罪（《刑法》第228条）：
   若以牟利为目的，非法转让、倒卖军用土地使用权，情节严重的，处三年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金；情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
2. 非法占用农用地罪（《刑法》第342条）：
   若非法占用军用土地（如耕地、林地等）改作他用，数量较大或造成土地严重毁坏的，处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。
3. 贪污罪或受贿罪（《刑法》第382条、第385条）：
   若军队管理人员利用职务便利，侵吞、窃取或非法收受他人财物，为他人谋取军用土地相关利益，可能构成贪污或受贿罪，根据数额和情节判处刑罚。

四、特殊情形：连带责任与追责时效

1. 连带责任：若违规行为涉及多人或单位共同实施，所有参与者均需承担相应责任；若单位负责人未履行监管职责，可能被追责。
2. 追责时效：行政处罚的追责时效为两年，刑事责任的追诉时效根据罪名和情节轻重分为五年至二十年不等，但若行为处于持续状态（如长期非法占用土地），则不受时效限制。

建议：若涉及军用土地管理问题，务必第一时间向军队土地管理部门报告，配合调查并主动整改。若对处罚决定有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，但需在法定期限内提出。如有具体案件或疑问，可直接向我咨询，我会结合细节进一步分析。