运输两头未经检疫的死猪在途中被抓，是违法的行为。以下从不同角度为你详细分析：

法律背景与规定

根据《中华人民共和国动物防疫法》的相关规定，从事动物运输的单位、个人以及车辆，必须向所在地县级人民政府农业农村主管部门进行备案。同时，运输的动物必须附有检疫证明，且在装载前和卸载后，应当按照规定对运输车辆进行清洗、消毒。对于未经检疫的动物产品，如死猪，是严禁运输的。

违法行为的认定

1. 未经检疫：你运输的死猪未经检疫，这违反了动物防疫法中关于动物产品必须经过检疫的规定。未经检疫的动物产品可能携带病菌或病毒，对公共卫生安全构成威胁。
2. 运输行为：你实施了运输未经检疫死猪的行为，这一行为本身就构成了违法。无论运输的数量多少，只要未经检疫，就违反了法律规定。

可能的法律后果

1. 行政处罚：根据动物防疫法的规定，对于运输未经检疫动物产品的行为，农业农村主管部门有权责令改正，并处以罚款。罚款的数额可能根据违法情节的严重程度而有所不同，但通常都会对违法者造成一定的经济负担。
2. 刑事责任：如果运输的未经检疫死猪数量较大，或者造成了严重的公共卫生事件，如疫情传播等，那么还可能构成犯罪，需要承担刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，对于违反动物防疫法规，引起重大动物疫情的，或者有引起重大动物疫情危险，情节严重的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。

建议与措施

1. 立即停止违法行为：如果你正在运输未经检疫的死猪，应立即停止这一行为，并主动向当地农业农村主管部门报告，接受处理。
2. 配合调查与处理：在农业农村主管部门进行调查时，应积极配合，提供必要的证据和信息，以便主管部门能够准确判断违法情节的严重程度，并作出相应的处理决定。
3. 加强法律意识：作为运输者，应加强对动物防疫法规的学习和了解，提高法律意识，确保自己的运输行为符合法律规定。

如果你在运输过程中遇到了类似的问题，或者对动物防疫法规有任何疑问，都可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律建议和帮助。