关于在等红绿灯时停在斑马线上是否会被罚款扣分的问题，这确实是一个需要细致分析的情况，因为它涉及到交通法规的具体规定以及实际执法中的灵活性。
首先，我们要明确的是，根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第五十一条的规定，机动车在通过有交通信号灯控制的交叉路口时，如果遇到停止信号，应当依次停在停止线以外。如果没有停止线，则应当停在路口以外。这一规定是为了确保交通秩序和行人的安全。
接下来，我们分析几种可能的情况：
合法停车：
- 如果您在红灯亮起前已经越过了停止线，并且由于交通状况或安全考虑无法继续前行，而停在了斑马线前的合理位置（即不影响行人通行且未违反其他交通规则），那么这种情况通常不会被视为违章行为，也不会受到罚款或扣分的处罚。
越线停车：
- 如果您在红灯亮起后才越过停止线，并将车辆停在了斑马线上，这就构成了越线停车。根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》的相关规定，这种行为可能会面临一次记2分（也有说法为记1分，具体根据地方规定）以及20-200元罚款的处罚（罚款金额因地区而异）。
特殊情况：
- 如果存在一些特殊情况，比如前方有大型车辆遮挡视线导致您误闯红灯，或者信号灯出现故障、交警现场指挥通行等，这些情况下您可能不会被处罚。但如果您因此停在了斑马线上，并且妨碍了行人的正常通行，那么处罚可能会相对更严重。
- 另外，如果您停在斑马线上后为了纠正位置又继续移动车辆，这有可能被判定为闯红灯，从而面临更严厉的处罚，如一次记6分并罚款。
地域差异：
- 需要注意的是，各地的交通法规执行标准可能存在差异。有些地方可能对“越线停车”有一定的宽容度，只要不影响行人通行就不会处罚；而有些地方则可能严格执行规定。
总结与建议：
为了避免不必要的法律纠纷和处罚，我建议您在驾驶时始终遵守交通法规，特别是在接近路口时要注意观察交通信号灯和道路情况。如果遇到红灯，请尽量在停止线前或路口外合法停车。如果您不确定自己的停车行为是否合法，或者遇到了特殊情况，建议您及时咨询当地的交通管理部门或专业律师以获取准确的法律意见和帮助。
总之，等红绿灯时停在斑马线上是否会被罚款扣分，取决于您的具体停车行为是否符合交通法规的规定以及当地的执法标准。因此，请务必谨慎驾驶，确保自己和他人的安全。