结论：保险公司是否赔偿货车车厢底板加厚的钱，需分情况讨论，主要取决于加厚底板是否属于保险合同约定的赔偿范围，以及加厚行为是否合法合规。以下是具体分析：

1. 若加厚底板属于合法改装且已告知保险公司
   根据《保险法》及相关司法解释，被保险人对保险标的的改装、加装等行为，若已及时通知保险公司并经其同意（如通过批改保险合同或附加条款确认），则改装部分通常可纳入保险范围。此时，若事故导致加厚底板损坏，保险公司应按合同约定赔偿修复或更换费用。
   关键点：需保留书面通知记录（如邮件、批改单）及保险公司确认文件，否则可能因“未如实告知”被拒赔。

2. 若加厚底板属于非法改装或未告知保险公司
   若加厚行为违反《道路交通安全法》或车辆管理规定（如改变车辆结构、影响安全性能），或未履行告知义务，保险公司可能依据合同条款主张免责。例如，保险合同中常约定“未经保险人同意的改装导致损失，保险人不负责赔偿”。
   例外情形：若能证明事故与加厚行为无因果关系（如底板加厚未导致事故发生，仅因其他原因受损），部分法院可能支持赔偿，但需结合具体证据判断。

3. 若加厚底板属于“新增设备”且投保了相应险种
   若车主为加厚底板单独投保了“新增设备损失险”（属商业险附加险），则保险公司需按合同约定赔偿。但需注意：

   • 该险种通常需额外缴费，且赔偿限额以保险金额为限；
     
   • 若未投保此险种，即使加厚行为合法，保险公司也可能拒赔。

建议行动：

1. 立即查阅保险合同，确认是否包含改装部分赔偿条款或新增设备险；
   
2. 整理加厚底板的合法证明（如车辆管理所备案记录、改装厂资质证明）及告知保险公司的证据；
   
3. 若协商无果，可向当地银保监会投诉或通过诉讼解决，诉讼中需重点证明加厚行为与事故的因果关系及保险公司的告知义务履行情况。
   

如有进一步细节（如改装是否报备、合同具体条款等），可随时补充说明，我会为您细化分析。