修建铁路在符合法定条件和程序的情况下，可以占用永久基本农田，但必须经过严格的审批程序并依法进行补偿。以下是对此问题的详细分析：
一、法律前提与原则
永久基本农田是受到国家特殊保护的耕地，其保护是土地管理的重要原则。根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，任何单位和个人不得擅自占用或改变永久基本农田的用途。然而，因公共利益需要，如修建铁路等基础设施建设，确需占用永久基本农田的，必须依法进行审批和补偿。
二、审批程序
项目立项与规划：
- 修建铁路项目需经过相关部门的立项审批，确保项目的合法性和可行性。
- 在项目规划阶段，应尽量避免占用永久基本农田，或通过优化设计减少占用面积。
用地申请与审批：
- 建设单位需向当地自然资源主管部门提交用地申请，包括项目批准文件、用地范围图、土地利用方案等材料。
- 自然资源主管部门将对申请进行严格审查，依据法律法规和政策决定是否批准用地。占用永久基本农田的审批权在国务院，确保审批的严格性和权威性。
三、补偿与安置
协商补偿：
- 用地申请获批后，建设单位需与被占地农户或集体经济组织协商补偿事宜。
- 补偿标准通常根据当地政府的征地补偿政策确定，包括土地补偿费、安置补助费及地上附着物和青苗的补偿费等。
安置方案：
- 建设单位需提供合理的安置方案，如农业生产安置、重新择业安置等，确保被征地农民的生活水平不降低、长远生计有保障。
四、法律责任与权益维护
法律责任：
- 如果未经批准擅自占用永久基本农田，将面临法律责任，包括责令退还非法占用的土地、限期拆除或没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施、罚款等。
权益维护：
- 土地所有者或使用者应保存好土地权属证明（如土地承包经营权证、宅基地使用证等）及现场证据（如照片、录像、相关文件资料等），以便后续主张权益。
- 若发现修建铁路占用永久基本农田存在违法情形，可向当地自然资源部门举报；对处理结果不满意或相关部门未依法履行职责的，可在规定时间内申请行政复议或直接向人民法院提起行政诉讼。
五、实际操作建议
- 提前规划：在修建铁路项目规划阶段，应充分考虑土地利用的合法性和合理性，尽量避免占用永久基本农田。
- 严格审批：如果确需占用永久基本农田，应严格按照法定程序进行审批，确保项目的合法性和合规性。
- 充分补偿：与被占地农户或集体经济组织协商补偿事宜时，应确保补偿标准的合理性和充分性，保障被征地农民的合法权益。
综上所述，修建铁路在符合法定条件和程序的情况下可以占用永久基本农田，但必须经过严格的审批程序并依法进行补偿。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。