在企业为事业单位且股东为公司的情况下，实控人的认定需结合具体情况，依据相关法律法规及公司章程进行综合判断。以下是从不同角度对实控人认定的详细分析：

一、实控人的一般认定原则

实控人，即实际控制人，是指虽不是公司的直接股东，但通过投资关系、协议或者其他安排，能够实际支配公司行为的人。在认定实控人时，通常遵循以下原则：

1. 实质重于形式原则：关注实际控制权而非股权形式，即看谁真正能够控制公司的决策和运营。
2. 综合判断原则：结合股权结构、公司章程、协议安排、实际运营情况等多方面因素进行综合判断。

二、企业为事业单位时的特殊考虑

当企业为事业单位时，其性质和管理体制可能与一般企业有所不同。事业单位通常受到政府或相关部门的严格监管，其决策和运营可能受到更多政策性和行政性的影响。因此，在认定实控人时，需特别考虑以下因素：

1. 政府或相关部门的角色：政府或相关部门是否通过直接或间接的方式对事业单位进行控制或影响，包括人事任命、资金拨付、政策指导等。
2. 事业单位的自主权：事业单位在多大程度上拥有自主决策和运营的权力，以及这种自主权是否受到外部因素的限制或干扰。

三、股东为公司时的实控人认定

当股东为公司时，实控人的认定可能更加复杂。此时，需关注以下方面：

1. 公司股东的股权结构：分析公司股东的股权结构，看是否存在控股股东或实际控制人。如果公司股东本身存在实控人，那么该实控人可能通过公司股东间接控制目标企业。
2. 公司股东与目标企业的关系：考察公司股东与目标企业之间的投资关系、协议安排等，看是否存在能够实际支配目标企业行为的情况。例如，公司股东是否通过协议约定对目标企业的重大决策具有决定性影响。
3. 公司章程和协议安排：仔细审查目标企业的公司章程和协议安排，看是否存在对实控人认定的特殊规定或约定。例如，公司章程可能规定某股东或某方在特定情况下具有实际控制权。

四、具体认定方法

在具体认定实控人时，可以采取以下方法：

1. 查阅公司章程和股东名册：了解公司的股权结构和股东情况，以及公司章程中关于实控人的规定。
2. 分析公司决策和运营情况：通过考察公司的决策过程、运营模式等，判断谁真正能够控制公司的行为。
3. 询问相关人员：与公司管理层、股东等相关人员进行沟通，了解他们对实控人的看法和认识。
4. 参考相关法律法规和司法解释：如《公司法》、《证券法》等关于实控人认定的相关规定和司法解释，为认定提供法律依据。

五、法律建议

1. 完善公司治理结构：企业应建立健全的公司治理结构，明确各股东和实际控制人的权利和义务，避免产生实控人认定上的争议。
2. 加强信息披露和透明度：企业应加强信息披露工作，提高透明度，让股东和投资者能够清晰了解公司的股权结构和实际控制情况。
3. 寻求专业法律意见：在实控人认定过程中遇到复杂或疑难问题时，企业应及时寻求专业法律意见，以确保认定的准确性和合法性。

如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。