针对您提出的“专利侵权申请法院保全涉及国家秘密的证据”这一问题，首先我们需要明确的是，证据保全在专利侵权案件中是一个重要的法律手段，用于确保关键证据不被销毁或难以获取。而当涉及国家秘密时，这一过程的复杂性和敏感性显著增加。

核心结论：在专利侵权案件中，若申请法院保全的证据涉及国家秘密，需遵循特殊程序，确保既保护国家秘密不被泄露，又有效保全证据。

具体分析：

1. 一般证据保全程序：

   • 专利侵权证据的保全方式通常包括公证保全和法院证据保全两种。
   • 法院证据保全可以在诉前或诉讼中进行，需向法院提出申请，并提供相应的担保。
   • 法院在审查申请后，若认为有必要，将作出保全裁定，并立即执行。

2. 涉及国家秘密的特殊处理：

   • 当保全的证据涉及国家秘密时，必须严格遵守《保守国家秘密法》及相关法律法规。
   • 申请人需向具有管辖权的人民法院提出书面申请，并明确说明证据涉及国家秘密的情况。
   • 法院在审查此类申请时，会特别关注证据的保密性，确保在保全过程中不泄露国家秘密。
   • 可能需要采取特殊的保全措施，如指定专人保管、限制访问等，以确保国家秘密的安全。

3. 法律建议：

   • 在申请保全涉及国家秘密的证据前，建议充分咨询专业律师，了解相关法律程序和注意事项。
   • 准备充分的申请材料，包括证明证据涉及国家秘密的相关文件、保全申请书的详细阐述等。
   • 与法院保持密切沟通，确保保全过程的顺利进行，并随时准备根据法院的要求调整申请内容。

总结：申请法院保全涉及国家秘密的专利侵权证据是一个复杂且敏感的过程。为确保既保护国家秘密不被泄露，又有效保全证据，建议遵循特殊程序，并充分咨询专业律师以获取法律支持和指导。若您在此过程中遇到任何法律问题，欢迎随时向我咨询。