甲方扣押合同可能会承担以下法律后果：
合同效力不受影响，但可能面临违约责任：
- 合同的效力并不因一方扣押合同原件而受到影响。合同自双方签字或盖章时即成立并生效，除非存在法定无效情形。因此，甲方扣押合同并不会使合同无效，但可能构成对合同履行或合同管理的干扰。
- 如果甲方扣押合同的行为导致乙方无法正常履行合同义务，或者给乙方造成了其他损失，甲方可能需要承担违约责任，包括赔偿乙方因此遭受的损失。
可能面临行政处罚（如涉及特定行业或情形）：
- 在某些特定行业或情形下，如涉及公共安全、金融监管等，甲方扣押合同的行为可能违反相关行政法规或规章，从而面临行政处罚，如罚款、警告等。
可能构成妨碍民事诉讼的行为（如涉及诉讼）：
- 如果双方因合同纠纷已经进入诉讼程序，甲方扣押合同的行为可能被视为妨碍民事诉讼的行为。根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，诉讼参与人或者其他人伪造、毁灭重要证据，妨碍人民法院审理案件的，人民法院可以根据情节轻重予以罚款、拘留；构成犯罪的，依法追究刑事责任。虽然直接扣押合同原件不一定构成伪造、毁灭证据，但如果该行为导致证据无法提交或影响案件审理，甲方可能面临相应的法律制裁。
可能面临刑事责任（如涉及犯罪行为）：
- 在极端情况下，如果甲方扣押合同的行为与诈骗、敲诈勒索等犯罪行为有关，甲方可能面临刑事责任的追究。例如，如果甲方通过扣押合同来迫使乙方支付额外费用或提供其他不当利益，且该行为符合诈骗罪或敲诈勒索罪的构成要件，甲方可能因此被定罪处罚。
法律建议：
- 保留证据：如果乙方发现甲方扣押了合同，应尽快收集并保留相关证据，如与甲方的沟通记录、合同复印件等，以备不时之需。
- 协商解决：在可能的情况下，乙方可以尝试与甲方进行协商，要求甲方归还合同或提供合同复印件，以便双方能够正常履行合同义务。
- 寻求法律帮助：如果协商无果，乙方可以寻求法律帮助，包括咨询专业律师或向相关机构投诉，以维护自己的合法权益。
示例说明：
假设甲乙双方签订了一份买卖合同，甲方作为卖方在合同签订后扣押了合同原件。乙方因需要合同来办理相关手续而要求甲方提供合同复印件或归还合同原件，但甲方拒绝。在此情况下，乙方可以保留与甲方的沟通记录作为证据，并尝试与甲方进行协商。如果协商无果，乙方可以咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的救济途径，如向法院提起诉讼要求甲方承担违约责任或赔偿损失。