核心结论：农商贷扣款余额不足导致显示逾期时，您可以通过及时补足欠款、与银行沟通协商、关注信用记录修复以及了解法律后果与应对措施等方式来妥善处理这一问题。以下是详细说明：

1. 及时补足欠款：

   • 一旦发现农商贷扣款因余额不足而失败，并显示逾期，您应立即通过银行转账、网上银行、手机银行或其他便捷方式，将欠款金额及可能产生的逾期费用（如滞纳金、罚息等）一并补足至贷款账户。
   • 补足欠款后，及时联系银行客服或前往银行网点，确认款项已到账，并要求银行更新您的贷款状态，以消除逾期记录。

2. 与银行沟通协商：

   • 如果您因特殊原因（如临时资金周转困难）导致扣款失败，可以主动与银行沟通，说明情况，并请求银行给予一定的宽限期或减免部分逾期费用。
   • 在与银行沟通时，保持诚恳的态度，提供必要的证明材料（如医疗证明、失业证明等），以增加银行对您情况的理解和支持。

3. 关注信用记录修复：

   • 逾期记录会对您的个人信用产生负面影响，因此，在补足欠款并消除逾期状态后，您应持续关注自己的信用记录。
   • 可以通过中国人民银行征信中心或其他合法征信机构查询个人信用报告，确保逾期记录已被正确更新或删除。
   • 如果发现信用报告中有误或未及时更新的信息，应及时向征信机构提出异议申请，要求更正。

4. 了解法律后果与应对措施：

   • 根据相关法律法规，贷款逾期可能面临罚息、滞纳金等经济处罚，甚至可能影响您的个人信用和未来的贷款申请。
   • 如果逾期情况严重或长期未得到解决，银行有权采取法律手段追讨欠款，包括但不限于起诉、申请强制执行等。
   • 因此，您应认真对待贷款逾期问题，积极与银行沟通协商，寻求解决方案，以避免不必要的法律纠纷和经济损失。

额外建议：

• 在未来的贷款还款过程中，建议您设置自动还款功能或提前规划好还款资金，以确保按时足额还款，避免类似情况再次发生。
• 如果您对贷款合同中的条款或还款方式有疑问或不解之处，应及时向银行咨询或寻求专业法律意见，以保障自己的合法权益。