关于《民法典》中农村自建房的规定，结合实务经验，我为您梳理以下核心要点，分情况说明如下：

1. 宅基地使用权与房屋所有权的关系
   根据《民法典》第362条，宅基地使用权人依法对集体所有的土地享有占有和使用的权利，有权依法利用该土地建造住宅及其附属设施。农村自建房的所有权与宅基地使用权不可分割，即房屋所有权人必须同时是宅基地使用权人（通常为农村集体经济组织成员）。若房屋转让，宅基地使用权需一并转移，且受让人需符合宅基地申请条件（如本村集体成员、无其他宅基地等）。

2. 自建房的合法性要件

   • 审批程序：根据《土地管理法》第62条，农村村民建住宅需经乡（镇）人民政府审核批准，并取得乡村建设规划许可证。未批先建或超面积建设的房屋可能被认定为违法建筑，面临拆除或罚款风险。
     
   • 建设标准：房屋需符合当地规划要求（如层高、面积、风貌等），例如《民法典》第293条明确禁止违反规定排放大气污染物、噪声等，实务中延伸至对建筑风貌、安全间距的管控。

3. 房屋继承与流转限制

   • 继承规则：根据《民法典》第1122条，房屋作为遗产可依法继承，但宅基地使用权不能单独继承。若继承人非本村集体成员，可继承房屋所有权但无法取得宅基地使用权，房屋灭失后宅基地由集体收回。
     
   • 流转限制：宅基地使用权原则上不得向城镇居民转让，但《民法典》第363条允许宅基地使用权因房屋买卖、继承、赠与等“地随房走”原则流转，受让人需为符合条件的本村集体成员。

4. 相邻关系处理
   《民法典》第288-296条对相邻关系作出详细规定，例如：

   • 建房不得妨碍相邻方通风、采光、日照（第293条）；
     
   • 不得违规排放污水、堆放杂物（第294条）；
     
   • 挖掘土地需采取安全措施，避免危害相邻建筑（第295条）。
     实务中，因建房引发的相邻纠纷占比较高，建议提前与邻居协商并留存书面协议。

5. 危房改造与拆迁补偿

   • 危房改造：若房屋经鉴定为危房，所有权人可申请原址重建或异地新建，但需重新履行审批手续（参考《民法典》第238条对物权保护的规则）。
     
   • 拆迁补偿：房屋被征收时，补偿包括房屋价值、搬迁安置费等（《民法典》第243条）。宅基地使用权补偿归集体，房屋补偿归所有权人，实务中需注意区分土地与房屋的补偿主体。

温馨提示：农村自建房涉及土地管理、城乡规划、物权保护等多重法律关系，建议操作前咨询当地自然资源部门确认政策，并保留审批文件、建设合同等证据。若您有具体纠纷（如继承、相邻权、拆迁等），可直接向我咨询，我会结合案例为您详细分析。