若超过鞋类三包规定期限后鞋子损坏，一般无法直接依据三包规定要求商家免费维修、更换或退货，但仍有以下几种处理途径：
- 与商家协商
- 虽然三包期限已过，但你可以尝试与商家友好沟通，说明鞋子损坏的具体情况，如损坏并非人为故意造成，而是由于鞋子本身存在质量隐患或潜在缺陷等。例如，鞋子在三包期刚过不久就出现鞋底断裂，且你平时穿着频率和方式都正常，这种情况下商家可能会出于维护客户关系、提升品牌口碑等考虑，同意为你提供一定的维修服务，甚至可能给予一定的折扣优惠让你更换新鞋。
- 在协商过程中，要注意保留好与商家的沟通记录，如聊天记录、通话录音等，以便后续如果协商不成，有其他途径解决时能作为证据使用。
- 寻求消费者协会帮助
- 如果与商家协商无果，你可以向当地的消费者协会投诉。消协是依法成立的对商品和服务进行社会监督的保护消费者合法权益的社会组织。你可以向消协详细陈述购买鞋子的过程、鞋子损坏的情况以及与商家协商的经过等信息，并提供相关证据，如购买凭证、鞋子损坏的照片等。
- 消协会根据具体情况进行调查了解，并组织双方进行调解。在调解过程中，消协会依据相关法律法规和公平合理的原则，促使商家和消费者达成一个双方都能接受的解决方案。例如，消协可能会建议商家承担部分维修费用或者给予消费者一定的补偿。
- 通过法律途径解决
- 确定法律依据：如果鞋子损坏是由于商家存在欺诈行为或者鞋子本身存在严重质量问题，即使超过了三包期限，你依然可以依据《中华人民共和国民法典》《中华人民共和国消费者权益保护法》等相关法律法规来维护自己的合法权益。比如，商家在销售鞋子时故意隐瞒鞋子存在质量问题，导致你在购买后不久鞋子就出现损坏，这种情况下商家的行为就构成欺诈。
- 收集证据：要收集能够证明商家存在过错或鞋子存在质量问题的证据。除了前面提到的购买凭证、鞋子损坏照片外，还可以收集专业鉴定机构出具的鞋子质量鉴定报告、其他消费者的类似投诉证据等。这些证据将有助于你在法律程序中证明自己的主张。
- 选择解决方式：
- 向法院起诉：你可以向有管辖权的人民法院提起民事诉讼，要求商家承担相应的赔偿责任，如赔偿鞋子维修费用、更换鞋子的费用或者因鞋子损坏给你造成的其他损失等。在起诉过程中，要按照法院的要求提交起诉状和相关证据材料，并积极参加庭审活动。
- 申请仲裁：如果双方在购买鞋子时签订了仲裁协议，或者事后达成仲裁协议，你也可以根据仲裁协议向约定的仲裁机构申请仲裁。仲裁具有一裁终局的特点，相对来说效率较高，但仲裁结果同样具有法律效力，商家必须履行。