如果纪检部门要求在职经商人员退还违法所得，而当事人拒绝退还，可能面临纪律处分、行政处罚甚至刑事责任等后果。具体分析如下：

1. 纪律处分层面
   根据《中国共产党纪律处分条例》及《中华人民共和国公职人员政务处分法》，在职人员违规经商属于违反廉洁纪律的行为。纪检部门有权根据情节轻重给予警告、记过、降级、撤职甚至开除公职等处分。若拒绝退还违法所得，可能被认定为“对抗组织审查”，从而加重处分。

2. 行政处罚层面
   若经商行为涉及市场监管、税务等领域的违法（如未依法登记、偷逃税款），行政机关可依据《公司法》《税收征收管理法》等法律，责令补缴税款、罚款，甚至吊销营业执照。拒绝履行行政处罚决定的，行政机关可申请法院强制执行。

3. 刑事责任层面
   若经商行为构成犯罪（如贪污、受贿、挪用公款、非法经营等），司法机关可依法追究刑事责任。根据《刑法》，犯罪所得需依法追缴，拒不退还可能影响量刑（如从重处罚）。例如，贪污罪中“拒不退赃”是法定从重情节。

4. 强制执行程序
   纪检或行政机关作出退还决定后，若当事人拒不履行，机关可向法院申请强制执行。法院可通过查封、扣押、冻结财产等措施强制执行，并将当事人纳入失信被执行人名单，限制高消费、出境等。

建议：

• 若纪检部门已介入，建议主动配合调查，说明情况并退还违法所得，以争取从轻处理。
  
• 若对退还决定有异议，可通过合法途径申诉（如申请复核、听证），但申诉期间不停止执行。
  
• 涉及刑事风险的，务必及时咨询律师，评估行为性质并制定应对策略。
  

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