同一天因超员被罚款两次，需根据具体情况分别处理，但核心原则是：两次处罚若基于不同违法行为或不同执法时段，均需依法接受处理；若存在重复处罚等违法情形，可依法维权。 以下是具体分析：

1. 若两次处罚均合法有效
   根据《道路交通安全法》及实施条例，超员行为按“超员比例”和“车辆类型”划分处罚标准（如驾驶营运客车超员20%以上记12分、罚款500-2000元）。若您在同一天内因不同时段的超员行为（如上午、下午各一次）被查处，或两次超员比例不同（如第一次超员20%，第二次超员30%），执法部门可分别处罚。此时您需：

   • 确认两次处罚的《行政处罚决定书》是否独立编号、载明不同违法时间、地点及超员细节；
     
   • 按决定书要求缴纳罚款、接受记分处理（若涉及驾驶证）；
     
   • 若对处罚有异议（如认为超员比例计算错误），可在收到决定书60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼。

2. 若两次处罚存在违法情形
   若执法部门以“同一违法行为”重复处罚（如上午被查后未整改，下午因同一超员状态再次被查，但未新增违法行为），则违反《行政处罚法》“一事不再罚”原则（对同一违法行为不得以同一事实和理由给予两次以上罚款）。此时您可：

   • 收集证据：保留两次处罚决定书、现场照片/视频、证人联系方式等，证明两次处罚针对同一超员状态；
     
   • 提出异议：先向作出处罚的交警部门书面提出撤销重复处罚的申请，说明理由并附证据；
     
   • 申请复议或诉讼：若部门未处理，可向其上级机关申请行政复议，或直接向法院起诉要求撤销重复处罚。

温馨提示：超员不仅面临罚款记分，更严重威胁乘客安全（如增加制动距离、易引发侧翻）。建议严格按核载人数载客，避免侥幸心理。若对处罚有疑问，可直接向我咨询，我会结合具体处罚决定书内容为您详细分析。