孕妇在办理离职期间流产，赔偿问题需分情况讨论，主要取决于流产原因及是否与工作相关。以下是具体分析：
若流产与工作无直接关联，且离职手续合法合规
在此情况下，流产属于个人健康问题，通常不涉及用人单位的赔偿责任。但根据《女职工劳动保护特别规定》，孕妇在孕期、产期、哺乳期（简称“三期”）内，用人单位不得单方面解除劳动合同（除非劳动者存在严重过错）。若用人单位违法解除劳动合同，孕妇有权要求继续履行合同或主张赔偿金（按经济补偿标准的二倍计算）。
建议：若用人单位存在违法解除行为，可收集劳动合同、解除通知、医疗证明等证据，通过劳动仲裁主张权益。
若流产与工作存在因果关系（如工作强度过大、工作环境有害等）
根据《工伤保险条例》，若流产被认定为工伤（需满足“在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害”或“患职业病”等条件），用人单位需承担工伤保险责任，包括医疗费、停工留薪期工资、伤残补助金等。
关键点：需证明流产与工作直接相关（如医疗鉴定结论、工作记录等）。若用人单位未缴纳工伤保险，所有费用由用人单位承担。
建议：立即申请工伤认定，并保留医疗记录、工作证据等材料，必要时通过法律途径维权。
若离职手续尚未完成，且流产发生在“三期”内
即使劳动者主动提出离职，若用人单位同意离职但未依法支付经济补偿（如未提前30日通知），可能涉及违法解除问题。此外，若流产导致劳动者丧失劳动能力，用人单位需根据《劳动合同法》第四十二条、第四十五条的规定，延长劳动合同至相应情形消失（如医疗期满）。
建议：结合离职协议内容、流产时间点及医疗情况，综合判断用人单位是否需承担额外责任。
总结：赔偿问题需结合流产原因、离职合法性及“三期”保护规定综合判断。建议优先与用人单位协商，若协商无果，可携带劳动合同、医疗证明、离职文件等材料，向我进一步咨询具体维权方案。