闯两个红灯扣12分后，需按以下步骤处理：

1. 接受处罚与扣分
   根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，闯红灯一次记6分，两次即记满12分。此时，交警部门会依法扣留你的机动车驾驶证，并开具《交通违法处罚决定书》。你需在15日内到指定地点缴纳罚款（通常每次闯红灯罚款200元，两次共400元），并接受处罚。

2. 参加满分学习与考试
   记满12分后，需在驾驶证核发地或违法行为发生地的公安机关交通管理部门参加为期7日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习（满分教育）。学习结束后，需在20日内参加科目一考试。考试合格后，记分予以清除，发还机动车驾驶证；若考试不合格，需继续参加学习和考试。

3. 特殊情况处理

   • 若驾驶证为实习期：根据规定，实习期内记满12分的，将注销其实习的准驾车型驾驶资格。例如，若你持有的是C1实习期驾驶证，闯两次红灯后需重新报名考取驾驶证。
     
   • 若拒不参加学习或考试：公安机关交通管理部门将公告其机动车驾驶证停止使用，此时若继续驾驶机动车，将按“无证驾驶”处罚（罚款200-2000元，可并处15日以下拘留）。

4. 后续驾驶建议

   • 扣分处理期间，建议避免驾驶机动车，以免因“无证驾驶”被加重处罚。
     
   • 日常驾驶中，可通过导航软件提前观察信号灯变化，或减速慢行确保安全通过路口，减少闯红灯风险。

温馨提示：交通违法记录会伴随个人征信，且记满12分后若未及时处理，可能影响车辆年检、保险理赔等。如有疑问或需进一步协助，可直接向我咨询。