闯红灯两次扣了12分，你需要按照以下步骤处理：

一、驾驶证扣留与学习安排

根据我国相关法律规定，闯两次红灯达到12分属于累计记分达到满分，公安交管部门将扣留你的驾驶证。此时，你需要在十五日内到机动车驾驶证核发地或者违法行为地公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。这是为了帮助你重新掌握交通规则，提高交通安全意识。

二、参加考试与记分消除

完成学习后，车辆管理所会在二十日内对你进行道路交通安全法律、法规和相关知识考试。考试合格的，记分将予以消除，并会发还你的驾驶证，你可以继续正常驾驶。但如果考试不合格，你需要继续参加学习和考试，直到考试合格为止。

三、特殊情况处理

• 接受驾驶技能考试：如果你在一个记分周期内记分2次以上达到12分，除了参加上述学习和考试外，还应当接受驾驶技能考试。考试将按照你本人机动车驾驶证载明的最高准驾车型进行。只有考试合格，记分才会予以清除，并发还机动车驾驶证。
• 罚款缴纳：同时，你需要确保所有因闯红灯产生的罚款已经缴纳。如果罚款未缴纳，记分将不会清除，并可能转入下一记分周期。

四、法律后果与预防措施

• 法律后果：闯红灯是严重的交通违法行为，不仅可能导致交通事故，还会对你的驾驶证产生严重影响。累计记分达到12分后，如果不及时处理，可能会面临更严重的法律后果，如吊销驾驶证等。
• 预防措施：为了避免类似情况再次发生，建议你严格遵守交通规则，提高交通安全意识。在行驶过程中，注意观察交通信号灯，确保在绿灯亮起时再通行。同时，定期查看自己的驾驶证记分情况，及时处理交通违法行为。

总结与建议：

闯红灯两次扣了12分后，你需要及时参加道路交通安全法律、法规和相关知识学习，并通过考试来消除记分。同时，确保所有罚款已经缴纳，并遵守交通规则，提高交通安全意识。如果你在处理过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。