当补充合同与原合同发生冲突时，一般以补充合同为准，但这一原则并非绝对，需根据具体情况进行综合分析。以下是对此问题的详细解答：
一、一般原则：补充合同效力优先
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百四十三条，当事人协商一致，可以变更合同。补充合同作为对原合同的补充或变更，只要内容合法、真实有效，即具有法律效力。
时间顺序与效力：
- 补充合同通常是在原合同签订后，双方当事人根据实际情况的变化，对原合同的部分内容进行修改、补充而达成的协议。由于补充合同签订时间晚于原合同，且体现了双方最新的意思表示，因此其效力在冲突时通常优先于原合同。
举例说明：
- 例如，甲和乙签订了一份房屋买卖合同，约定房屋总价为100万元，一次性付款。后因甲资金周转问题，双方签订补充合同，改为分三期付款。若就付款方式产生争议，应以补充合同中的分期付款为准。
二、特殊情况：补充合同可能无效或原合同继续有效
补充合同无效的情形：
- 如果补充合同存在欺诈、胁迫、恶意串通、损害国家/集体/第三人利益、违反法律法规强制性规定等情形，该补充合同将被认定为无效。此时，应依据原合同执行。
- 举例：若补充合同中约定降低房屋质量标准至违反国家相关强制性规定，则该部分无效，仍应按原合同约定的质量标准执行。
原合同特殊约定：
- 如果原合同中明确规定了“本合同内容不得通过补充合同进行变更”或类似条款，且这些条款合法有效，那么在补充合同与原合同发生冲突时，可能仍需以原合同为准。但此类约定的有效性可能会受到法律的严格审查，以确保其不违背公平原则和法律规定。
部分补充的情况：
- 若补充合同明确仅对原合同的某些特定条款进行补充，未涉及的原合同条款仍然有效。
- 举例：甲和乙签订货物买卖合同，后签订补充合同仅变更交付时间。对于未涉及的规格、数量、价格等条款，原合同仍然有效。
三、综合考虑因素
在处理补充合同与原合同冲突的问题时，除了考虑上述一般原则和特殊情况外，还需综合考虑以下因素：
签订时间与双方意图：
- 补充合同的签订时间通常晚于原合同，反映了双方对原合同内容的最新共识。在判断以谁为准时，应考虑补充合同的签订时间及双方的真实意图。若补充合同更能体现双方的最新意愿和实际情况，则其效力应得到优先认可。
合同内容、交易习惯和行业惯例：
- 在处理争议时，还需考虑合同的具体内容、双方的交易习惯和行业惯例。这些因素可能影响对合同条款的解释和判断。
相关法律法规的规定及解释：
- 必须遵守相关法律法规的规定及解释，确保合同关系的合法性和公正性。
四、实际操作建议
仔细审查合同条款：
- 在签订补充合同前，应仔细审查原合同条款，确保补充合同的内容不与原合同中的强制性条款相冲突。
明确约定效力优先：
- 在补充合同中明确约定其效力优先于原合同的相应条款，以减少未来可能的争议。
寻求专业法律帮助：
- 若双方无法就冲突问题达成一致，建议通过友好协商、调解、仲裁或诉讼等法律途径解决争议。在此过程中，可以寻求我的专业法律帮助，以确保当事人的合法权益得到充分保障。
总结来说，当补充合同与原合同发生冲突时，虽然一般以补充合同为准，但具体判断还需综合考虑多种因素。若您在此方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。