针对医疗公司法人乱使用违法药物的情况，处理方式需结合具体行为性质、法律后果及责任主体进行综合判断，以下是详细分析：

1. 明确“乱使用违法药物”的具体行为性质

需先界定“乱使用”的具体情形，包括但不限于：

• 非法生产、销售违法药物：如未经批准生产、销售假药、劣药，或违反药品管理法规生产、销售管制类精神药品、麻醉药品等。
• 滥用处方权或职务便利：如法人利用职务之便，私自开具、使用或指示他人使用违法药物（如超剂量、超范围使用处方药）。
• 参与药品流通环节的违法行为：如法人直接参与走私、贩卖违法药物，或为非法交易提供便利（如提供仓储、运输、资金支持等）。

法律依据：
根据《中华人民共和国药品管理法》《中华人民共和国刑法》相关规定，上述行为可能涉及“生产、销售假药罪”“生产、销售劣药罪”“非法提供麻醉药品、精神药品罪”“走私、贩卖、运输、制造毒品罪”等罪名。

2. 区分法人个人行为与公司行为

需明确违法药物的使用是法人个人行为，还是公司集体决策或授权行为，责任主体不同：

• 法人个人行为：若法人以个人名义实施违法行为（如私自贩卖药品），责任由其个人承担，公司可能因管理失职承担连带责任（如未尽到监督义务）。
• 公司行为：若法人代表公司实施违法行为（如公司集体决策生产、销售违法药物），则公司作为单位犯罪主体，需承担刑事责任，同时法人作为直接负责的主管人员或其他直接责任人员，需承担个人刑事责任。

法律依据：
根据《刑法》第三十条、第三十一条，单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。

3. 具体处理方式

（1）行政责任

• 对法人个人：
  
  • 药品监管部门可依据《药品管理法》对法人处以警告、罚款、没收违法所得、吊销执业资格等行政处罚。
    
  • 若法人同时是执业医师或药师，可能被吊销执业证书。
    
• 对公司：
  
  • 药品监管部门可责令公司停产停业、没收违法所得、罚款（最高可达违法所得的30倍），情节严重的可吊销药品生产、经营许可证。
    

（2）刑事责任

• 对法人个人：
  
  • 若行为构成犯罪（如生产、销售假药罪），法人可能面临有期徒刑、无期徒刑甚至死刑（如造成特别严重后果），并处没收财产。
    
  • 若法人同时是公司直接负责的主管人员，需承担单位犯罪的个人责任。
    
• 对公司：
  
  • 若公司构成单位犯罪，需判处罚金，同时对直接负责的主管人员（如法人）和其他直接责任人员判处刑罚。
    

（3）民事责任

• 若法人或公司的违法行为导致患者人身损害，需承担民事赔偿责任（如医疗费、误工费、残疾赔偿金等）。
  
• 患者可依据《民法典》侵权责任编提起民事诉讼，要求赔偿。
  

4. 实务建议

• 立即停止违法行为：若发现法人或公司存在乱使用违法药物的行为，应立即停止，并主动向药品监管部门报告，争取从轻处理。
  
• 配合调查：积极配合公安机关、药品监管部门的调查，如实提供证据，避免逃避或隐瞒。
  
• 法律救济：若对行政处罚或刑事指控有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，或委托律师进行刑事辩护。
  

总结

医疗公司法人乱使用违法药物的处理需结合行为性质、责任主体及法律后果综合判断，可能涉及行政处罚、刑事责任及民事赔偿。建议立即停止违法行为，并咨询专业律师以制定应对策略。如有进一步问题，可直接向我咨询。