霸占集体基本农田垄沟属于违法行为，处理方式主要包括以下几种，具体需根据实际情况选择适用：

1. 协商解决
   若霸占行为情节较轻（如临时占用、未造成严重破坏），可先尝试与占用人协商，要求其停止侵害、恢复原状并赔偿损失。协商时建议留存书面记录（如协议、录音），作为后续维权证据。

2. 向村委会或乡镇政府投诉
   根据《土地管理法》第十四条，农村集体土地由村集体经济组织或村委会管理。若协商无果，可向村委会反映，要求其协调处理；若村委会不作为，可向乡镇政府土地管理部门投诉，由政府责令占用人退还土地、恢复原状。

3. 申请行政调解或仲裁
   部分地区设有土地纠纷调解委员会，可申请调解；若涉及合同纠纷（如承包合同），可依据《农村土地承包法》向农村土地承包仲裁委员会申请仲裁，裁决具有法律效力。

4. 提起民事诉讼
   若占用人拒不履行义务，可向法院起诉，要求其停止侵害、排除妨碍、赔偿损失。诉讼时需提供土地权属证明（如承包合同、土地证）、霸占行为证据（如照片、证人证言）等。

5. 追究刑事责任（严重情形）
   若霸占行为导致基本农田严重毁坏（如挖塘养鱼、建房），可能涉嫌《刑法》第三百四十二条规定的“非法占用农用地罪”，可向公安机关报案，由司法机关追究刑事责任。

关键提醒：

• 基本农田受法律严格保护，任何单位和个人不得擅自占用或改变用途。
  
• 处理时需优先通过行政途径（如投诉、调解）解决，效率较高；若损害严重或对方拒不配合，再考虑诉讼或刑事报案。
  
• 保留证据是维权关键，建议及时拍照、录像或寻求公证，固定霸占行为的事实。
  

如有具体情节（如占用人身份、占用时间、土地用途等），可进一步向我说明，我会结合细节提供更精准的建议。