市场监管部门在特定情况下确实有权对手机应用被入侵的事件进行查处。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、市场监管部门的职责范围

市场监管部门，通常负责市场秩序的维护、消费者权益的保护以及产品质量的监督等工作。在手机应用被入侵的情况下，如果这一行为涉及到了消费者权益的侵害，比如用户数据泄露、隐私被侵犯，或者应用本身存在安全缺陷导致用户受损，那么市场监管部门就有权介入调查。

二、手机应用被入侵可能涉及的法律问题

1. 消费者权益保护：根据《中华人民共和国消费者权益保护法》，消费者在购买、使用商品或接受服务时，享有个人信息得到保护的权利。如果手机应用被入侵导致用户信息泄露，市场监管部门可以依据此法对涉事应用进行查处，要求其整改并赔偿用户损失。

2. 网络安全法：根据《中华人民共和国网络安全法》，网络运营者应当采取技术措施和其他必要措施，确保其网络的安全，防止网络数据泄露或者被窃取、篡改。如果手机应用未能履行这一义务，导致被入侵，市场监管部门（在网络安全方面，通常与网信部门等有协作）可以联合其他相关部门对其进行处罚。

3. 产品质量法：虽然手机应用本身不属于传统意义上的“产品”，但如果其存在安全缺陷，导致用户受损，可以视为应用“质量”存在问题。市场监管部门在产品质量监督方面有权对存在问题的产品（或服务）进行查处。

三、市场监管部门查处的具体情形

• 用户投诉举报：如果大量用户投诉某手机应用存在安全问题，如被入侵、数据泄露等，市场监管部门会重视这些投诉，并可能启动调查程序。
• 定期或不定期检查：市场监管部门可能会对市场上的手机应用进行定期或不定期的安全检查，如果发现应用存在安全隐患或已被入侵，会要求应用开发者或运营者进行整改。
• 与其他部门协作：在处理复杂的网络安全事件时，市场监管部门可能会与网信部门、公安部门等协作，共同对涉事应用进行查处。

四、用户应如何应对

• 及时投诉：如果用户发现自己的手机应用被入侵或存在安全隐患，应及时向市场监管部门投诉举报，提供详细的信息和证据。
• 保护个人信息：在等待市场监管部门处理的同时，用户应采取措施保护自己的个人信息，如更改密码、启用双重验证等。
• 寻求法律援助：如果用户因手机应用被入侵而遭受了损失，可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的权益。

总结来说，市场监管部门在特定情况下确实有权对手机应用被入侵的事件进行查处，这主要取决于应用被入侵是否涉及到了消费者权益的侵害、网络安全法的违反或产品质量的问题。如果您遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。