起诉意见书的制作标准通常是以案件为单位进行制作，一般一式三份。具体分析如下：

1. 以案件为单位制作：起诉意见书是公安机关对侦查终结的案件，认为犯罪嫌疑人涉嫌犯罪，应当追究刑事责任，向同级人民检察院移送审查起诉时制作的法律文书。因此，它是针对每一个具体案件来制作的，每个案件都有其独立的起诉意见书。

2. 一式三份的常规做法：

   • 一份交检察院：起诉意见书的主要目的是向人民检察院提出对犯罪嫌疑人提起公诉或不起诉的意见，因此必须有一份正式的起诉意见书提交给检察院，供其审查起诉使用。
   • 一份附卷：为了保持案件材料的完整性和连续性，公安机关通常会将一份起诉意见书附在案件卷宗中，作为案件侦查终结的重要证据和材料。
   • 一份公安机关留存：公安机关也需要留存一份起诉意见书，以备后续查阅、复核或应对可能的法律争议。

3. 特殊情况下的份数调整：虽然一式三份是常规做法，但在某些特殊情况下，如案件涉及多个犯罪嫌疑人、多个罪名或需要向多个检察院移送审查起诉时，起诉意见书的份数可能会相应增加。此外，如果案件需要上报上级公安机关或相关部门备案，也可能需要额外制作起诉意见书。

建议：在实际操作中，公安机关应根据案件的具体情况和需要，合理确定起诉意见书的份数，并确保每份起诉意见书的内容准确、完整、一致。如果有任何疑问或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询。