中介公司代发工资的合法性需结合具体情况及法律法规进行综合判断，以下是对此问题的详细分析：
合法情形：
- 有合法委托协议：若中介公司与用工单位之间签订了合法有效的委托代发工资协议，并明确双方的权利和义务，包括代发工资的金额、方式、时间等，这种代发工资行为属于正常的商业合作，是合法的。例如，一些大型企业或跨国公司，为了统一财务管理，可能会委托中介公司代发工资。
- 符合劳动法规和税务规定：中介公司在代发工资过程中，应严格遵守劳动法律法规和税务规定，确保准确核算工资数额，并依法代扣代缴员工的个人所得税、社会保险费等。若中介公司具备相应资质，且操作合规，那么代发工资行为是合法的。
- 劳务派遣与劳务外包的合法操作：在劳务派遣或劳务外包等正规手续下，中介公司作为劳务派遣单位或劳务外包单位，代发工资也是合法的。这种情况下，代发工资不仅有助于用工单位节省成本，还便于管理。
可能存在的违法情形：
- 逃避监管：若中介公司代发工资旨在帮助用工单位逃避劳动监管，如隐瞒真实的劳动关系、规避最低工资标准、加班工资等法律规定，则此代发行为违法。此类行为剥夺了劳动者应有的劳动权益，中介公司和用工单位均可能面临法律处罚。
- 税务违规：中介公司在代发工资过程中，若涉及偷逃税款，如虚列工资支出、拆分工资以降低个税缴纳基数等，即违反了税收法律法规。这种行为不仅损害了国家税收利益，也可能对中介公司和用工单位造成严重的法律后果。
- 洗钱等非法活动：若中介公司代发工资被用于洗钱、转移违法所得等非法目的，则代发行为触犯刑法。犯罪分子可能利用代发工资的名义，将非法资金混入正常工资流水，以掩盖资金的非法来源。这种情况下，中介公司不仅可能面临法律处罚，还可能承担刑事责任。
建议与总结：
- 确保合法委托协议：中介公司在代发工资前，应与用工单位签订合法有效的委托协议，明确双方的权利和义务，以避免法律纠纷。
- 遵守劳动法规和税务规定：中介公司在代发工资过程中，应严格遵守相关法律法规和税务规定，确保操作合规、资金安全及员工权益保障。
- 谨慎选择合作对象：用工单位在选择中介公司代发工资时，应谨慎评估中介公司的资质、信誉和服务质量，以避免因中介公司违规操作而带来的法律风险。
若你对中介公司代发工资的合法性仍有疑问，或在实际操作中遇到法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和帮助。