在两次抵押权登记申请主体一致，且新的抵押权登记后，之前的抵押权的凭证仍然是其原有的抵押权登记证明（如他项权证等，具体名称可能因地区而异），该凭证继续有效，只是其效力顺位会受到新抵押权登记的影响。以下从几个方面进行详细分析：
一、抵押权登记证明的法律效力
抵押权登记证明是抵押权设立和存续的重要法律文件，它证明了抵押权人对特定财产享有抵押权。在抵押权设立时，抵押权人和抵押人会共同向不动产登记机构申请抵押权登记，登记机构审核通过后，会颁发抵押权登记证明给抵押权人。这个证明是抵押权人行使抵押权的重要依据。
二、新抵押权登记对原有抵押权的影响
效力顺位：当同一财产上设立多个抵押权时，抵押权的效力顺位按照登记的时间先后确定。即先登记的抵押权优先于后登记的抵押权受偿。因此，在新的抵押权登记后，原有的抵押权在效力顺位上会排在新的抵押权之后。但这并不影响原有抵押权登记证明的法律效力，它仍然是抵押权人行使抵押权的合法凭证。
抵押权并存：在新的抵押权登记后，原有的抵押权并不会因此消灭或失效。只要抵押权人未放弃抵押权或抵押权未因其他原因消灭（如主债权消灭、抵押物灭失等），原有的抵押权将继续存在并有效。
三、抵押权登记证明的保管与使用
保管：抵押权人应妥善保管抵押权登记证明，避免遗失或损坏。因为该证明是行使抵押权的重要依据，一旦遗失或损坏，可能会给抵押权人带来不必要的麻烦和损失。
使用：在需要行使抵押权时（如债务人未履行到期债务），抵押权人应凭借抵押权登记证明向不动产登记机构查询抵押物的现状、向法院申请实现抵押权等。同时，在抵押权转让或消灭时，也需要办理相应的变更登记或注销登记手续，并交回或注销原有的抵押权登记证明。
四、特殊情况下的处理
如果抵押权人因遗失、损坏等原因需要补办抵押权登记证明，应向不动产登记机构申请补办。在补办过程中，可能需要提供相关的证明材料（如身份证明、抵押合同、原抵押权登记证明遗失声明等），并按照不动产登记机构的要求办理相关手续。
建议：在实际操作中，抵押权人应密切关注抵押物的状况和抵押权的效力顺位变化，及时采取必要的措施保护自己的合法权益。如果遇到任何疑问或问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供专业的法律建议。