取得不合规发票本身并不直接等同于“不得对抗善意第三人”的情形，但可能因具体情境引发相关法律后果，需分情况讨论：

1. “不得对抗善意第三人”的适用场景
   该原则通常用于物权法领域（如《民法典》第224-228条），指当物权变动存在公示瑕疵时，真实权利人不得以自身权利对抗不知情的善意第三人。例如：甲将车辆质押给乙但未登记，后甲又将车辆卖给不知情的丙并完成过户，此时乙不得以质押权对抗丙的所有权。
   核心逻辑：善意第三人基于对公示信息的信赖取得权利，法律优先保护其交易安全。

2. 不合规发票与“对抗性”的关联性
   发票不合规（如虚开、伪造、未按规定开具）主要涉及税务合规问题，其法律后果集中在：

   • 行政责任：根据《发票管理办法》，可能面临罚款、没收违法所得等处罚；
     
   • 刑事责任：若构成虚开发票罪（《刑法》第205条之一），可能承担刑事责任；
     
   • 民事效力：发票不合规可能影响交易真实性证明，但不直接导致权利丧失或对抗性失效。
     例外情形：若发票不合规导致交易被认定为无效或可撤销（如虚构交易骗取贷款），则可能间接影响权利对抗性，但需结合具体合同效力判断。

3. 可能引发“不得对抗善意第三人”的间接场景

   • 场景1：企业用不合规发票入账，导致资产权属证明存在瑕疵。例如：甲公司用虚开发票证明对某设备的所有权，后将设备抵押给银行，银行基于发票信赖发放贷款。若甲公司实际无权处分设备，银行可能因善意取得制度获得抵押权，此时甲公司不得以发票不合规对抗银行。
     
   • 场景2：在股权转让中，转让方用不合规发票虚增资产价值，受让方基于发票信赖支付对价。若后续发现资产不实，受让方可能以欺诈为由撤销合同，但若股权已过户给善意第三人（如后续买家），转让方可能不得以发票问题对抗该第三人。
     关键点：是否构成“善意取得”需满足“无重大过失+合理对价+已公示（如过户）”等条件。

4. 实务建议

   • 对发票合规性严格审查：避免因发票问题导致交易被否定或权利受限；
     
   • 完善交易公示：在物权变动中及时办理登记或交付，降低善意第三人主张权利的风险；
     
   • 保留交易证据：除发票外，补充合同、付款记录、物流单据等证明交易真实性。
     

总结：不合规发票本身不直接触发“不得对抗善意第三人”，但可能因交易效力瑕疵或公示问题间接导致该后果。具体需结合交易类型、发票作用及第三人善意程度综合判断。如有具体案例，可进一步提供细节，我会为您分析法律风险。