在集体土地上发放国有土地证的行为违反了《中华人民共和国土地管理法》及相关法律法规，属于违法行为。具体分析如下：
违反土地权属管理规定
根据《土地管理法》第九条，我国土地分为国家所有和集体所有两类，且二者性质不可混淆。集体土地所有权归农村集体经济组织所有，国有土地所有权归国家所有。若在集体土地上直接发放国有土地证，相当于将集体土地性质变更为国有土地，但未依法履行征收程序（如《土地管理法》第四十七条规定的征收补偿、公告、审批等流程），属于擅自改变土地权属的违法行为。
违反土地用途管制制度
《土地管理法》第四条明确规定，国家实行土地用途管制制度，严格限制农用地转为建设用地。若集体土地未被依法征收为国有，且未通过规划调整、农用地转用审批等程序，直接发放国有土地证用于建设（如商业开发、工业用地等），则同时违反了土地用途管制和规划许可的相关规定。
可能涉及行政许可违法
根据《行政许可法》第三十四条，行政机关需对申请材料进行实质审查。若国土部门在未核实土地权属来源、未履行法定征收程序的情况下发放国有土地证，属于审查不严或滥用职权，可能被撤销或确认无效，相关责任人还可能承担行政责任甚至刑事责任（如《刑法》第三百九十七条的滥用职权罪）。
损害集体和农民权益
集体土地是农村集体经济组织的重要资产，未经合法程序征收即发放国有土地证，会直接剥夺集体对土地的所有权和农民的收益权（如土地补偿费、安置补助费等）。此类行为可能引发行政诉讼，集体或农民可依据《行政诉讼法》第十二条、第七十条等规定，起诉要求撤销违法土地证并索赔。
建议：若您遇到此类情况，可先通过政府信息公开申请获取土地征收、规划审批等文件，核实程序合法性；若发现违法，可向自然资源部门举报或提起行政复议/诉讼。具体操作可进一步向我咨询，我会结合证据为您制定维权方案。