交通运输局在处理物流纠纷时，主要依据的是一系列相关的法规和管理规定。针对您提出的问题，我将结合具体的法规内容，为您详细阐述交通运输局处理物流纠纷的依据。

首先，对于货物运输过程中发生的丢失、短少、变质、污染、损坏等事故造成的直接实际损失，交通运输局会依据《货物运输事故赔偿价格计算规定》来处理。该规定明确了赔偿价格的计算方法，包括执行国家定价的货物和执行国家指导价格或市场调节价格的货物的赔偿标准，以及处理赔偿时需要考虑的各种因素，如运杂费、包装费、税费等。这些规定为交通运输局在处理物流纠纷时提供了明确的赔偿计算依据。

其次，对于道路运输服务质量的投诉，交通运输局会依据《道路运输服务质量投诉管理规定》来处理。该规定旨在保护道路运输服务对象的合法权益，及时、公正处理服务质量投诉，加强对道路运输服务质量的监督和管理。它明确了投诉受理的条件、范围、程序以及处理方式，包括投诉人必须具备的条件、投诉受理的范围、运政机构受理投诉后的处理程序、投诉案件的责任认定以及调解或行政处罚等处理方式。这些规定为交通运输局在处理物流服务质量纠纷时提供了全面的指导和依据。

具体来说，当发生物流纠纷时，交通运输局会根据纠纷的性质和具体情况，依据上述法规和管理规定进行调查核实。如果纠纷涉及货物运输事故赔偿，交通运输局会按照《货物运输事故赔偿价格计算规定》来计算赔偿金额；如果纠纷涉及道路运输服务质量投诉，交通运输局会按照《道路运输服务质量投诉管理规定》来受理投诉、调查核实、责任认定，并采取相应的处理措施，如调解或行政处罚等。

综上所述，交通运输局在处理物流纠纷时，主要依据的是《货物运输事故赔偿价格计算规定》和《道路运输服务质量投诉管理规定》等相关法规和管理规定。这些规定为交通运输局提供了明确的指导和依据，确保了物流纠纷处理的公正性、合法性和有效性。