结论：发生交通事故治疗终结后五年才申请进行伤残鉴定，是否超过诉讼时效，需结合具体情况判断，但一般情况下可能面临超过诉讼时效的风险。
分析：
诉讼时效的基本规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
- 在交通事故中，如果因人身伤害提起诉讼，诉讼时效通常从知道或者应当知道权利被侵害时起计算，即从受伤之日起计算，但治疗终结或伤残鉴定结果确定后，诉讼时效的计算可能会受到影响。
治疗终结与伤残鉴定的关系：
- 治疗终结是指医疗机构认为患者的病情已经稳定，不再需要继续治疗的状态。
- 伤残鉴定则是在治疗终结后，对受害人的伤残程度进行评估的过程。
- 理论上，诉讼时效可以从治疗终结或伤残鉴定结果确定之日起计算，但具体还需根据案件情况和当地司法实践来判断。
五年后申请伤残鉴定的风险：
- 如果从受伤之日起计算，五年后申请伤残鉴定很可能已经超过了三年的诉讼时效期间。
- 即使从治疗终结或伤残鉴定结果确定之日起计算，如果这一时间点也远超过受伤之日起的三年，那么同样可能面临超过诉讼时效的风险。
- 然而，如果存在诉讼时效中断或中止的情形（如受害人向侵权人提出赔偿请求、侵权人同意赔偿等），则诉讼时效可能会重新计算或暂停计算。
特殊情况下的诉讼时效：
- 如果受害人因特殊原因（如昏迷、精神障碍等）无法及时行使请求权，诉讼时效可能会根据法律规定进行中止或延长。
- 另外，如果受害人能够证明自己在诉讼时效期间内一直在积极主张权利（如通过律师函、调解等方式），也可能对诉讼时效的计算产生影响。
建议：
- 及时咨询律师：如果你或他人面临类似情况，建议尽快咨询专业律师，以便更准确地判断诉讼时效是否已过，并了解可能的法律救济途径。
- 收集证据：无论诉讼时效是否已过，都应尽可能收集与事故相关的证据（如医疗记录、伤残鉴定报告、证人证言等），以备不时之需。
- 考虑其他法律途径：如果诉讼时效确实已过，且无法证明存在中断或中止的情形，那么受害人可能无法通过诉讼途径获得赔偿。但此时仍可考虑与侵权人进行协商或寻求其他非诉讼途径的解决方式。
后续行动：如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的解答。