在农田灌溉水渠上修公路是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论：

1. 若未经合法审批与规划：

   • 农田灌溉水渠属于农业基础设施，其用途是保障农田灌溉，确保农业生产。若未经相关部门的合法审批，未按照法定程序进行规划变更，就在农田灌溉水渠上修公路，这显然是违法的。因为这种行为擅自改变了土地及水利设施的用途，违反了土地管理、水利设施保护等相关法律法规。例如，根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，国家实行土地用途管制制度，使用土地的单位和个人必须严格按照土地利用总体规划确定的用途使用土地。未经批准，擅自改变土地用途的，可能会面临责令限期改正、没收违法所得、罚款等行政处罚，情节严重的还可能构成犯罪。

2. 若经过合法审批与规划：

   • 在某些特殊情况下，如果因公共利益需要，如修建必要的交通设施，且经过严格的合法审批与规划程序，包括环境影响评估、水利设施影响评估等，并获得了相关部门的批准，那么在农田灌溉水渠上修公路可能是合法的。但即便如此，也需要采取相应的补偿和替代措施，以确保农田灌溉不受影响或影响降到最低。比如，修建新的灌溉渠道来替代原有的被占用渠道，或者对受影响的农田进行灌溉设施的改造升级等。

法律建议：

• 如果您或他人面临在农田灌溉水渠上修公路的情况，务必先咨询当地土地管理部门、水利部门等相关机构，了解具体的审批程序和要求。
• 在未获得合法批准前，切勿擅自施工，以免面临法律风险和处罚。
• 如果已经发生了未经批准的修建行为，建议尽快与相关部门沟通，寻求合法化的途径或补救措施，以减少损失和法律责任。

可能后果：

• 未经批准擅自修建的，可能会面临行政处罚，包括罚款、责令恢复原状等。
• 如果因修建行为导致农田灌溉受损，影响农业生产，还可能需要承担民事赔偿责任。
• 在极端情况下，如果修建行为严重破坏了水利设施或土地资源，还可能构成犯罪，面临刑事处罚。

如有任何进一步的问题或需要具体的法律帮助，请随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。