当案件因证据不足被指令再审时，可以按照以下步骤处理，我会结合法律程序和实务要点为你详细说明：

1. 明确再审启动主体与程序性质

• 法院依职权启动：若上级法院认为原判决证据不足，可能通过审判监督程序指令下级法院再审（《刑事诉讼法》第254条）。此时需注意：
  • 再审法院会重新组成合议庭审理；
  • 原判决可能被撤销、改判或维持。
• 当事人申请再审：若你作为当事人认为证据不足，可在判决生效后6个月内向法院/检察院申请再审（《民事诉讼法》第207条）。需提交新证据或证明原证据存在矛盾。

2. 再审阶段的证据准备策略

• 核心原则：再审不是简单重复一审/二审，需聚焦“新证据”或“原证据瑕疵”：
  • 新证据：包括原审结束后发现的证据（如证人新证言、物证、鉴定意见等），需证明其足以推翻原判决；
  • 原证据问题：如证据收集程序违法（如刑讯逼供）、证据矛盾未排除、关键证据未质证等。
• 实务建议：
  • 制作《证据清单》，标注证据来源、证明目的及与原证据的对比；
  • 申请法院调取关键证据（如监控录像、银行流水等）；
  • 对专业性问题（如伤情鉴定、财务审计）申请重新鉴定/审计。

3. 庭审中的抗辩要点

• 若你为原审被告/上诉人：
  • 强调原判决“事实不清、证据不足”，符合《刑事诉讼法》第200条无罪判决条件；
  • 引用“疑罪从无”原则，要求法院作出无罪判决（尤其适用于刑事案件）。
• 若你为原审原告/申请人：
  • 补充新证据后，需证明其与案件基本事实的关联性；
  • 若原证据存在瑕疵，需说明瑕疵不影响证据真实性（如签名笔迹模糊但鉴定为本人所签）。

4. 再审结果的可能走向

• 撤销原判、发回重审：若再审法院认为事实仍需查清，可能裁定发回原审法院重新审理；
• 直接改判：若新证据充分，可能直接改判（如刑事案件改判无罪、民事案件改判赔偿金额）；
• 维持原判：若再审认为原证据虽不足但无合理怀疑，可能维持原判（此时需评估是否启动抗诉程序）。

5. 后续救济途径

• 对再审结果不服：
  • 刑事案件：可向检察院申请抗诉（《刑事诉讼法》第253条）；
  • 民事案件：可申请检察院提出检察建议或抗诉（《民事诉讼法》第215条）。
• 国家赔偿申请：若再审改判无罪，可依据《国家赔偿法》第17条申请赔偿（需在改判后2年内提出）。

实务提醒：再审程序周期较长（通常6-12个月），建议同步准备以下材料：

1. 原审判决书、再审裁定书；
2. 新证据目录及证明材料；
3. 法律意见书（重点分析证据问题）。

如有具体案件细节（如案件类型、证据类型等），可进一步向我说明，我会结合实务经验为你制定应对方案。