当发现公司的公章被他人非法使用时，这确实是一个需要严肃对待的问题，因为它可能直接涉及到公司的法律权益和声誉。以下是我为您详细梳理的处理流程和建议：
一、立即区分使用情形并采取初步措施
确认使用是否经过公司授权：
- 首先，您需要核实公章的使用是否经过了公司内部的正常审批流程。这可以通过查阅相关的审批记录、用章登记等资料来实现。
- 如果使用是经过授权的，那么您需要监督使用公章所产生的法律后果，如合同的履行情况，确保公司的利益不受损害。
若未经公司授权：
- 内部员工擅自使用：
- 您需要立即收集使用公章的文件副本、照片、视频等证据，并详细了解使用的时间、地点、用途等信息。
- 评估这一行为是否对公司造成了损失或法律风险，并采取措施及时止损。
- 根据公司规章制度对涉事员工进行纪律处分，并反思和完善公章管理制度，以防止类似事件再次发生。
- 如果行为涉嫌犯罪，如伪造公司印章罪，您应及时向公安机关报案。
- 外部人员擅自使用（盗用、冒用等）：
- 您应立即向公安机关报案，提供详细的情况和线索，以便警方能够迅速展开调查。
- 通过公开渠道发布声明，表明公章的使用未经公司授权，相关文件不具有法律效力，以减少对公司可能造成的负面影响。
- 聘请专业律师，通过民事诉讼等法律途径维护公司的权益。
二、采取具体应对措施
立即报警：
- 无论公章是被内部员工还是外部人员非法使用，您都应立即向公安机关报案，以便警方能够介入调查，追究滥用者的法律责任。
内部调查与追责：
- 彻查公章被非法使用的原因和责任人，确保调查的全面性和深入性。
- 根据公司规章制度和法律法规对责任人进行严肃处理，以儆效尤。
通知相关方并处理合同问题：
- 及时通知与公章使用相关的合同相对方，陈述事实，并尝试解除合同或协议，以减少公司的损失。
- 如果对方不予配合，您可以通过法律途径认定合同无效或解除合同，维护公司的合法权益。
加强公章管理：
- 建立健全公章管理制度，明确使用权限、审批流程和保管责任，确保公章的使用有章可循。
- 确保公章由专人保管，并放置在安全的地方，防止公章被盗用或冒用。
- 定期检查和审计公章的使用情况，及时发现并纠正问题。
法律途径维权：
- 如果公章的非法使用行为给公司造成了经济损失或声誉损害，您可以通过法律途径向滥用者索赔。
- 寻求专业律师的帮助，收集证据并提起诉讼或仲裁程序，以维护公司的合法权益。
综上所述，处理公司公章被他人非法使用的问题需要综合考虑多种情况，并采取相应的法律措施和管理手段。通过立即报警、内部调查与追责、通知相关方并处理合同问题、加强公章管理以及通过法律途径维权等措施，您可以有效保护公司的合法权益，防止类似事件的再次发生。希望这些建议能对您有所帮助。