孙子和奶奶做亲子鉴定，一般情况下不能直接证明孙子和儿子是父子关系。以下从不同角度为你详细分析：

亲子鉴定的基本原理

亲子鉴定是通过对比被鉴定人之间的遗传物质（主要是DNA）来确定他们之间是否存在生物学上的亲缘关系。在常规的亲子鉴定中，比如父子鉴定，是通过对比父亲和孩子的DNA，查看是否存在特定的遗传标记匹配，从而判断他们是否为亲生父子。而孙子和奶奶的亲子鉴定，对比的是奶奶和孙子的DNA。奶奶和孙子之间隔了一代，他们之间的遗传关系相对复杂，奶奶的DNA并不能直接反映出与孙子父亲（即奶奶的儿子）之间的遗传信息，所以不能直接通过孙子和奶奶的亲子鉴定结果来推断孙子和儿子（奶奶的儿子）的父子关系。

特殊情况分析

虽然一般情况下不能直接证明，但在某些特殊情况下，结合其他证据和推理，可能有一定的参考价值，不过这种情况非常复杂且不具有普遍性。例如，如果家庭中存在一些特殊的遗传疾病或特征，且这些疾病或特征在家族中的遗传模式非常明确。假设某种遗传疾病是由特定的基因突变引起的，且该基因突变在家族中呈现出特定的传递规律，奶奶携带该突变基因，孙子也携带该突变基因，而家族中其他成员（如奶奶的其他子女）不携带该基因，同时结合家庭成员的生活情况、生育情况等其他证据，在极少数情况下可能辅助推断出孙子和儿子之间的父子关系。但这种情况需要极其严格的证据链和专业的遗传学分析，并且不能作为直接的、唯一的证明依据。

正确的证明方式

如果需要证明孙子和儿子是父子关系，最直接、准确的方式是进行孙子和儿子的亲子鉴定。通过专业的检测机构，对比他们之间的DNA样本，根据检测结果中遗传标记的匹配程度，能够科学、准确地判断他们是否存在父子关系。这种鉴定方式在法律上具有较高的证明力，是被广泛认可和采用的。

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