结论前置：分公司与总公司法人不一样但都是股东的情况，在法律上主要影响的是公司的组织结构、责任承担以及股东权益的行使方式。以下从这几个方面进行详细分析：
组织结构的影响：
- 总公司作为独立的法人实体，拥有完整的公司治理结构，包括股东会、董事会（或执行董事）和监事会（或监事）。这些机构负责公司的决策、执行和监督工作。
- 分公司则不具备独立法人资格，是总公司的分支机构。它不设立独立的股东会、董事会和监事会，其管理通常由总公司直接指派或委托的管理人员负责。因此，即使分公司的某些管理人员（可能包括所谓的“股东”代表，但这里的“股东”概念在分公司层面并不严格适用，因为分公司没有股东）参与管理，他们也是按照总公司的指示开展工作，不享有总公司股东那样的决策权。
责任承担的影响：
- 总公司作为独立法人，独立承担民事责任，包括债务清偿等。总公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任。
- 分公司在经营过程中产生的债务等民事责任，最终由总公司承担。如果分公司的财产不足以清偿债务，债权人可以要求总公司偿还剩余债务。这意味着，即使分公司的“股东”（如果这样称呼的话）在分公司运营中投入了资金或资源，他们也不直接对分公司的债务承担责任，而是由总公司承担最终责任。
股东权益行使的影响：
- 在总公司层面，股东享有一系列重要权利，如出席股东大会、对公司重大事项进行表决、分配公司利润等。
- 在分公司层面，由于分公司没有独立的股东和治理结构，因此不存在股东行使权利的情况。分公司的“股东”（如果存在这样的称呼）实际上可能是总公司的股东在分公司层面的代表或管理者，他们行使的是总公司赋予的管理权，而非股东权。
特殊情况说明：
- 如果用户所说的“分公司跟总公司法人不一样但都是股东”实际上是指总公司的股东在分公司中担任了某种管理职务或代表了总公司的利益，那么这种情况并不改变分公司作为总公司分支机构的法律地位。这些“股东”在分公司中的行为仍然受到总公司的控制和监督，他们不对分公司的债务承担个人责任（除非存在违法行为或故意损害公司利益的情况）。
法律建议：
- 对于总公司而言，应明确分公司的法律地位和责任承担方式，确保分公司的运营符合法律法规和总公司的规章制度。
- 对于所谓的“分公司股东”（如果这样称呼的话），应明确自己的法律地位和责任范围，避免将个人财产与公司财产混同，以免承担不必要的法律责任。
- 如果在实际运营中遇到复杂的法律问题或纠纷，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律意见和帮助。
进一步思考：
- 在公司运营中，应合理规划总公司和分公司的组织结构和管理模式，以确保公司的稳健运营和股东权益的最大化。
- 同时，应关注法律法规的变化和更新，及时调整公司的运营策略和管理模式以适应新的法律环境。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。