施工企业工资保证金的退还，通常是按项目来退还的，而非必须全部项目完工后才能退还。以下是对这一问题的详细分析：

一、工资保证金的退还原则

工资保证金是施工企业为了保障农民工工资支付而设立的一项制度。其退还原则主要基于项目的完成情况和农民工工资的支付情况。一般来说，只要项目完工且农民工工资已经足额支付，施工企业就可以申请退还工资保证金。

二、按项目退还的具体情况

1. 单个项目完工：对于施工企业来说，每个项目都是独立的。当一个项目完工，并且该项目的农民工工资已经全部支付完毕，施工企业就可以向相关部门申请退还该项目的工资保证金。

2. 多个项目并行：如果施工企业同时有多个项目在进行，每个项目的工资保证金是独立管理的。因此，当一个项目完工并满足退还条件时，施工企业可以单独申请退还该项目的工资保证金，而不需要等待其他项目也完工。

三、退还流程与注意事项

1. 申请退还：施工企业需要向当地人力资源社会保障部门或相关主管部门提交工资保证金退还申请，并提供项目完工证明、农民工工资支付凭证等相关材料。

2. 审核与退还：相关部门会对施工企业的申请进行审核，确认项目确实完工且农民工工资已经足额支付后，会按照规定程序退还工资保证金。

3. 注意事项：

   • 施工企业应确保农民工工资的足额支付，避免因工资纠纷而影响工资保证金的退还。
   • 在申请退还前，施工企业应仔细核对相关材料，确保材料的真实性和完整性。
   • 如果施工企业存在拖欠农民工工资等违法行为，相关部门可能会依法不予退还工资保证金，并可能对其进行处罚。

四、特殊情况的处理

虽然工资保证金通常是按项目退还的，但在某些特殊情况下，如施工企业涉及多个项目且存在资金链问题等，相关部门可能会根据实际情况对工资保证金的退还进行特殊处理。这种情况下，施工企业需要积极与相关部门沟通，提供必要的证明材料，并按照相关部门的指导进行处理。

建议：作为施工企业，应严格遵守相关法律法规，确保农民工工资的足额支付，并妥善保管好相关证明材料。在申请退还工资保证金时，应按照规定的流程进行操作，并积极与相关部门沟通，以确保退还工作的顺利进行。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。