在签订合作协议时，如果乙方存在违规行为，甲方是否有责任，这主要取决于违规行为的具体性质、甲方的知情情况以及双方在协议中的约定等多个因素。以下从几个不同角度进行分析：

1. 乙方违规行为的性质：

   • 如果乙方的违规行为是违反法律法规的强制性规定，如欺诈、行贿、偷税漏税等，那么这种行为本身是违法的，与甲方是否知情或是否参与无关，乙方需独立承担法律责任。
   • 如果乙方的违规行为是违反合作协议中的约定，如未按时履行义务、提供虚假信息等，那么这属于违约行为，乙方需根据协议约定承担违约责任。此时，如果甲方没有过错，通常不需要承担责任。

2. 甲方的知情情况：

   • 如果甲方在签订合作协议时，对乙方的违规行为并不知情，且没有理由应当知情（即甲方已尽到合理的审查义务），那么甲方通常不需要对乙方的违规行为承担责任。
   • 如果甲方在签订合作协议时，明知乙方存在违规行为而仍然与其签订协议，或者甲方应当知情但由于疏忽大意而未知情，那么甲方可能因“明知”或“应知”而承担一定的法律责任，如因协议无效或被撤销而产生的损失赔偿责任。

3. 双方在协议中的约定：

   • 合作协议中可能会明确约定双方的权利义务以及违约责任。如果协议中明确规定了乙方违规时甲方的免责条款，或者规定了乙方违规时甲方可以采取的救济措施，那么这些条款将作为判断甲方是否有责任的重要依据。
   • 如果协议中没有明确约定，那么需要根据法律法规和公平原则来综合判断甲方的责任。

法律建议：

• 对于甲方而言，在签订合作协议前，应尽可能对乙方的资质、信誉、经营状况等进行全面审查，以确保乙方的合法性和合规性。
• 在协议中明确约定双方的权利义务以及违约责任，特别是要约定乙方违规时甲方的免责条款或救济措施，以降低自身风险。
• 如果发现乙方存在违规行为，甲方应及时采取措施，如要求乙方改正、解除协议、追究违约责任等，以维护自身合法权益。

可能的法律后果：

• 如果乙方违规行为导致合作协议无效或被撤销，甲方可能因协议无效或被撤销而遭受损失，此时甲方有权要求乙方赔偿损失。
• 如果乙方违规行为构成犯罪，甲方可能因涉及共同犯罪或包庇犯罪而承担刑事责任（但这种情况较为罕见，且需要具体分析）。

总之，在签订合作协议时，如果乙方存在违规行为，甲方是否有责任需要综合考虑多个因素。如果有具体疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。