您好，关于“包干制是否合法”的问题，这主要取决于具体的实施背景和政策依据。以克拉玛依市为例，其科学技术局已经印发了《克拉玛依市财政科研项目经费“包干制”管理办法》，这一政策是合法且有效的。以下是对该政策合法性的详细解读：
一、政策制定背景与依据
背景：随着科技体制改革的深化，传统科研经费预算管理模式流程繁琐、自主权不足，难以适应基础研究、软科学研究等项目灵活性强、探索性高的特点。为破解经费管理难题，响应国家“放管服”改革要求，克拉玛依市出台了“包干制”专项管理办法。
依据：该政策的制定严格对标了国家、自治区的相关改革要求，如《国务院办公厅关于改革完善中央财政科研经费管理的若干意见》等，同时结合了克拉玛依市的本地实际，确保了政策的合法性和合规性。
二、政策制定过程与合法性审查
制定过程：政策制定经历了调研起草、征求意见、合法性审查、党组审议等多个环节，确保了政策的科学性和民主性。
合法性审查：政策在制定过程中通过了法律顾问的合法性审核，并完成了公平竞争审查，确保了政策符合法律法规及政策要求。
三、政策内容与合法性体现
“包干制”定义与管理原则：政策明确了“包干制”的定义，即“总额包干、负面清单、自主支配”的模式，并规定了管理原则，如职责清晰、放权到位、监管有效等，这些原则均符合法律法规的要求。
经费管理与使用：政策规范了预算编制、开支范围、负面清单管理等，明确了直接费用与间接费用的核定标准，并允许项目负责人在立项后自主支配经费，实行签字报销制，大幅简化了审批流程。这些规定既保障了科研人员的自主权，又确保了经费的合规使用。
监督与评价：政策强化了绩效导向，建立了科研诚信档案，并设立了尽职免责条款，平衡了经费放权与监管要求。这些措施有助于激发科研人员的创新活力，同时保障了资金的安全和规范使用。
四、政策实施与效果
克拉玛依市的“包干制”政策已经正式印发实施，并取得了积极的效果。它大幅简化了经费管理流程，提升了科研经费使用的自主权和效益，激发了科研人员的创新积极性，为全市的基础研究、软科学研究提供了坚实的政策支撑。
综上所述，包干制在克拉玛依市是合法的，并且其政策制定过程严谨、内容合规、实施有效。当然，不同地区的“包干制”政策可能有所不同，但只要其制定过程符合法律法规要求，内容科学合理，实施有效，就可以认为是合法的。如果您对其他地区的“包干制”政策有疑问，建议查阅当地的相关政策文件或咨询相关部门以获取准确信息。