乙方是否有权对甲方以备案价抵工抵房提出异议，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定角度：

   • 如果甲乙双方在合同中明确约定了工程款的支付方式，包括是否可以以房产抵债、抵债房产的价格确定方式等，那么双方应严格按照合同约定执行。若甲方以备案价抵工抵房的行为符合合同约定，乙方通常无权提出异议。
   • 若合同中未明确约定或约定不明，双方则可能因理解差异产生争议。此时，乙方有权根据合同法的相关规定，要求甲方就抵债房产的价格进行合理说明或协商调整。

2. 备案价与市场价差异角度：

   • 备案价通常是开发商向相关部门备案的房产销售价格，可能并不完全反映市场实际交易价格。如果备案价显著低于市场价，乙方可能会认为甲方以不合理的低价抵债，从而损害其利益，此时乙方有权提出异议。
   • 反之，如果备案价与市场价相近或高于市场价，乙方提出异议的理由可能相对不足。但即便如此，乙方仍可基于合同法的公平原则，要求甲方就价格差异进行合理解释或协商。

3. 法律程序与权益保护角度：

   • 乙方在提出异议时，应确保异议的提出符合法律程序。例如，乙方可以通过书面形式向甲方提出异议，并要求甲方在一定期限内给予答复。
   • 若甲方拒绝回应或双方无法达成一致，乙方可以考虑通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁。在此过程中，乙方需要准备充分的证据来支持其异议，如合同文本、市场价格调查报告等。

4. 实际操作建议：

   • 在签订合同时，双方应尽可能明确约定工程款的支付方式、抵债房产的价格确定方式等关键条款，以减少后续争议的可能性。
   • 若已发生争议，双方应首先尝试通过协商解决。协商不成的，再考虑通过法律途径解决。在协商或诉讼过程中，双方应保持理性、客观的态度，尊重事实和法律，以维护自身的合法权益。

总结与建议：乙方是否有权对甲方以备案价抵工抵房提出异议，取决于合同约定、备案价与市场价的差异以及法律程序与权益保护等多个因素。在实际操作中，建议乙方在签订合同时明确相关条款，并在发生争议时及时咨询专业律师，以便更好地维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。