当公司需要变更股东但联系不上该股东时，可以通过以下合法程序进行股东变更，以确保公司正常运作及股东权益：
一、初步措施与记录
尽力联系股东：
- 公司应首先通过电话、邮件、短信、特快专递等多种合理方式尝试联系该股东，并保留详细的联系记录，如通话记录、邮件发送截图、快递单据等，以证明已尽到联系义务。
- 若股东为公司内部人员或与其他股东有私人联系，也可尝试通过其他股东或相关联系人进行间接联系。
公司内部公告：
- 若长时间无法取得联系，可在公司内部进行公告，包括在股东大会公告或公司官方网站上发布信息，标明该股东为“失联股东”，并说明股权变更的意向和原因。
二、查阅公司章程与内部决议
查阅公司章程：
- 检查公司章程中是否有关于股东变更、失联股东处理的特别约定。如有，应严格按照章程规定的程序操作，如指定通知方式、表决权比例等。
召开股东会：
- 若无特别约定，可按照公司法和公司章程的规定召开股东会。会议应讨论并通过股东变更的决议，确保代表三分之二以上表决权的股东（有限责任公司）或出席会议的股东所持表决权的三分之二以上（股份有限公司）同意。
- 决议中应明确说明股东无法联系的情况、变更股东的必要性和合法性，以及新股东的信息等。
三、法律程序与申请（如适用）
申请宣告失踪/死亡：
- 若股东失联时间较长，符合法定条件（如下落不明满二年可申请宣告失踪，下落不明满四年或因意外事件下落不明满二年且经有关机关证明不可能生存的可申请宣告死亡），可向人民法院申请宣告该股东失踪或死亡。
- 宣告后，由其财产代管人或继承人依据法律规定处理股权事宜。若股东被宣告失踪，法院将指定其近亲属为财产代管人；若无近亲属，则由法院代为保管其财产，代管人可代为行使股东权利。
准备变更材料：
- 根据股东会决议和股权变更的具体情况，准备完整的变更申请材料，包括股东会决议、股权转让协议（如有）、公司章程修正案、变更登记申请书、新股东的身份证明以及宣告失踪/死亡的法律文书（如适用）等。
四、办理工商变更登记手续
提交申请：
- 将准备好的变更材料提交至当地工商行政管理部门进行审核。提交前，应确保所有材料齐全且符合规定。
领取新证：
- 如材料齐全且符合规定，工商行政管理部门将予以办理股权变更登记手续。变更完成后，公司应领取新的营业执照，并及时办理税务变更等相关手续，以确保企业合法运营。
五、特殊情况处理与注意事项
国有股权或股权质押/冻结的处理：
- 如果失联股东持有的是国有股权，那么在股权变更前还需要经过国有资产管理部门的审批。此时，应遵循国有资产管理的相关规定，完成审批手续后再进行股权变更登记。
- 若失联股东的股权已经质押或被冻结，应先了解具体的质押或冻结情况，并根据相关法律法规和合同约定进行相应的处理。例如，在股权质押的情况下，可能需要取得质权人的同意或按照质押合同的约定进行处理；在股权冻结的情况下，则需要等待冻结解除后才能进行股权变更。
保留证据与文件：
- 在整个股权变更过程中，应妥善保留所有书面通知、公告、会议记录、邮寄凭证等相关文件和证据，以备日后可能出现的纠纷或查询之用。
示例说明：
假设某有限责任公司需要变更一名失联股东的股权，公司首先通过电话、邮件和特快专递等方式尝试联系该股东，但均未能成功。随后，公司在公司内部进行了公告，并在官方网站上发布了失联股东的信息和股权变更的意向。接着，公司查阅了公司章程，发现没有关于失联股东处理的特别约定，于是按照公司法和公司章程的规定召开了股东会，并通过了股权变更的决议。由于失联股东的股权未涉及国有股权或质押/冻结情况，公司直接准备了变更申请材料并提交至工商行政管理部门。最终，工商行政管理部门审核通过了变更申请，公司领取了新的营业执照，并完成了税务变更等相关手续。
总结与建议：
当公司需要变更股东但联系不上该股东时，应通过一系列合法程序进行股东变更，包括尽力联系股东、查阅公司章程、召开股东会、准备变更材料并办理工商变更登记等步骤。在整个过程中，务必遵循当地法律法规和公司章程的规定，并妥善保留所有相关文件和证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。