行政行为已被确认违法，符合单独提起行政赔偿诉讼的，起诉期限一般适用两年。以下是对此问题的详细分析：

法律依据

根据《中华人民共和国国家赔偿法》第三十九条的规定：“赔偿请求人请求国家赔偿的时效为两年，自其知道或者应当知道国家机关及其工作人员行使职权时的行为侵犯其人身权、财产权之日起计算，但被羁押等限制人身自由期间不计算在内。在申请行政复议或者提起行政诉讼时一并提出赔偿请求的，适用行政复议法、行政诉讼法有关时效的规定。” 这一条款明确规定了国家赔偿请求的时效为两年。

单独提起行政赔偿诉讼的特殊性

当行政行为已被确认违法，且赔偿请求人选择单独提起行政赔偿诉讼时，由于此时已经不存在行政复议或行政诉讼的时效问题，因此应直接适用《国家赔偿法》中规定的两年时效。这意味着，从赔偿请求人知道或者应当知道行政行为侵犯其合法权益之日起两年内，其有权向人民法院提起行政赔偿诉讼。

起诉期限的计算

• 起始时间：起诉期限的起始时间应为赔偿请求人知道或者应当知道行政行为侵犯其合法权益之日。这通常意味着，当行政行为被确认违法后，赔偿请求人即应知晓其权益受到侵犯，从而开始计算起诉期限。
• 特殊情况：如果赔偿请求人在行政行为被确认违法后，因不可抗力或者其他正当理由不能在两年内提起诉讼的，可以依法申请延长起诉期限。但这种情况需要具体分析，并由人民法院根据实际情况进行裁定。

注意事项

• 及时行使权利：赔偿请求人应在知道或应当知道权益受到侵犯后及时行使权利，避免超过起诉期限而丧失胜诉权。
• 证据收集：在提起行政赔偿诉讼前，赔偿请求人应充分收集证据，以证明行政行为的违法性以及自身权益受到的损害。
• 法律咨询：由于行政赔偿诉讼涉及复杂的法律问题，赔偿请求人在提起诉讼前最好咨询专业律师，以获取更全面的法律建议和帮助。

总结来说，行政行为已被确认违法且符合单独提起行政赔偿诉讼条件的，起诉期限一般适用两年。赔偿请求人应在知道或应当知道权益受到侵犯后及时行使权利，并充分收集证据以支持其诉讼请求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。