产权转移书据的计税依据主要根据《中华人民共和国印花税法》的相关规定来确定，具体规则如下：
一、基本计税原则
产权转移书据的计税依据为产权转移书据上所列的金额，且该金额不包括列明的增值税税款。这意味着，在计算印花税等相关税费时，应以合同或其他产权转移书据中明确记载的不含税的金额为基础。例如，在房屋买卖合同中，如果合同约定的房屋成交价格为100万元，增值税税额为6万元，则印花税的计税依据仅为这100万元。
二、未列明金额或特殊情况下的计税依据
实际结算金额：若产权转移书据上未列明金额，则应以实际结算的金额作为计税依据。若后续实际结算金额发生变化，应按规定调整计税依据。
市场价格：当实际结算金额无法确定时，可以按照书立产权转移书据时的市场价格来确定计税依据。市场价格通常指同类产权在市场上的交易价格。
政府定价或指导价：对于依法应当执行政府定价或政府指导价的产权转移，应按照国家有关规定确定计税依据。
多方签订：如果同一应税产权转移书据涉及两方以上当事人，并且书据上分别列明了各方所涉及的金额，那么应按各方所列金额分别计税。若未列明各方金额，则按均摊金额作为计税依据。
外币金额：如果产权转移书据上的金额为外币，需按照书立时的人民币汇率中间价折合为人民币后确定计税依据。
股权转让特殊规定：在股权转让中，计税依据是产权转移书据所列的金额，但不包括已认缴但未实际出资的部分。
三、税率与应纳税额的计算
税率：根据《中华人民共和国印花税法》的规定，产权转移书据的印花税税率为价款的万分之五（0.05%）。但具体税率可能因地区或政策调整而有所不同，因此在实际操作中需参照当地税务机关的最新规定。
应纳税额的计算：应纳税额 = 计税依据 × 税率。即，将合同金额或所载金额乘以适用的税率即可得出应缴纳的印花税税额。例如，若产权转移书据的计税依据为100万元，税率为0.05%，则应纳税额为100万元 × 0.05% = 500元。
四、计税依据的变更与处理
如果应税产权转移书据与实际结算凭证上的金额不一致，或者因增值税计算错误导致所列金额发生变化，计税依据将按照增减变化的金额重新确定，并需办理相应的补退抵税手续。
五、实际操作建议
鉴于印花税的具体税率和计税依据可能因不同的经济事项和凭证类型而有所不同，且税收法规可能随时间发生变化，建议在办理产权转移手续时，务必咨询当地税务机关或向我咨询，以确保正确缴纳印花税，避免因不了解相关法规而产生的法律风险和经济损失。
希望以上解答能够帮助您全面理解产权转移书据的计税依据问题。如果您有任何其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。